Файюмская экспедиция Амра не отмечена ни в одном из арабских источников, зато ее описывает Иоанн Никиусский. Подходы к оазису защищал местный гарнизон, и арабам, как видно, не удалось далеко продвинуться. Им пришлось удовлетвориться захватом овец и коз на плоскогорье по краю возделанных земель. Правда, арабы взяли маленький городок Бахнасу, где, проходя, перебили всех мужчин, женщин и детей. За продвижением Амра, пишет Иоанн, следил командир местной стражи по имени Иоанн с отрядом примерно в пятьдесят человек, однако Амр обнаружил их присутствие. Византийцы попытались укрыться в ближайшей крепости Абвит, перемещаясь ночью, а днем прячась в садах и пальмовых рощах. Однако их выдал местный житель, и отряд окружили и перебили. Иоанна утопили в реке. Затем арабы, похоже, услышали о подходе новых сил и повернули обратно на север, чтобы начать штурм вавилонской крепости.
Рейд на Файюм и смерть Иоанна, кажется, ожесточили византийцев: приграничные набеги из пустыни одно дело, а проникновение в глубь долины Нила — другое, куда более серьезное. Тело погибшего Иоанна выловили из реки сетью, забальзамировали и со временем отправили в Константинополь. Рассказывают, что императора Ираклия сильно разгневала его судьба, и командующий византийскими силами в Египте Феодор поспешил в Файюм, чтобы выяснить, что можно сделать. Другой военачальник, Леонтий, был послан в Файюм для укрепления обороны. По словам Иоанна Никиусского, «он был тучен и мало понимал в военных делах». Оставив половину своего отряда в оазисе, он вернулся в Вавилон. Файюм остался за ромеями, но лишь временно.
Между тем свежие силы мусульманского войска приближались по восточной стороне дельты вслед за Амром. Тот, вернувшись из Файюма, вынужден был снова переправить-с я через реку; чтобы соединиться с подоспевшей помощью. Сообщают, что в новой армии было 12 000 человек под командой Зубайра ибн аль-Аввама. Зубайр принадлежал к первым последователям Мухаммада и пользовался большим уважением среди первых мусульман, но экспедицию затеял Амр, и, безусловно, он оставался главным. Зубайр по описаниям был среднего роста, хорош собой, светлокожий, с жидкой бородой, но с густыми волосами на теле. В сражении он проявлял отвагу и даже безрассудство, но Амр, бывший мозгом всей операции, сохранял за собой верховное командование.
Объединенная армия мусульман встала лагерем у древнего города Он (Гелиополь). Теперь это пригород Каира, но тогда Он стоял на краю пустыни. В античности город играл важную роль, но к тому времени почти обезлюдел. «К приходу арабов не многое осталось от его древнего величия, кроме разрушенных стен, засыпанных песком сфинксов и одинокого обелиска, стоящего и по сей день как осколок исчезнувшего мира»
