В начале реформы было утверждено приоритетное развитие фундаментальных исследований. Такое структурное разделение науки было предусмотрено в «Федеральном законе о науке и государственной научно-технической политике» (ст. 11 Закона декларирует «гарантию приоритетного развития фундаментальных исследований»). Этот принцип реализуется на практике — в структуре сети научно-технических организаций при незначительном общем сокращении их числа произошло выбытие КБ (сокращение только за 1992–1995 гг. на 40 %), проектных и проектно-изыскательских организаций (сокращение на 65 %).
Оказалось, однако, что поддержка прикладных НИОКР через рыночные механизмы совершенно недостаточна, искусственно созданный «капитал» финансировать науку в достаточной мере не собирается — в ситуации, когда приоритетными и срочными с точки зрения жизнеспособности государства и общества становятся многие направления именно прикладных исследований (например, анализ причин и поиск подходов к предотвращению техногенных аварий и катастроф).
— Мир в целом втягивается в глубокий глобальный кризис («кризис индустриализма», «третья волна цивилизации»). Его симптомами служат частичные кризисы — экологический у энергетический, культурный и др. Россия — первая крупная цивилизация, которая испытала на себе воздействие этого кризиса в его радикальной форме. Наука России уже накопила большое, хотя еще недостаточно оформленное, знание о поведении технологических, социальных и культурных систем на изломе, при крупномасштабных переходах «порядок — хаос». Развитие и формализация этого знания, которое совершенно по-новому ставит многие фундаментальные вопросы, важно для самой России, но не в меньшей степени — и для мирового сообщества.
Становление советской науки проходило в процессе осмысления огромного мировоззренческого и, в общем, цивилизационного кризиса начала XX века, который породил и Первую мировую войну, и цепь революций. Они стали реально мировой революцией (хотя и другого типа, нежели предсказывал Маркс). Наиболее глубоко системный кризис поразил тогда Россию, которая пережила крах сословной монархической государственности, развал огромной империи, тяжелую Гражданскую войну альтернативных революционных проектов. Это знание было систематизировано советским научным сообществом и, можно сказать, всем обществом. Оно вошло как важная часть нового знания всей мировой цивилизации.
Осмысление тех катастроф и переходных процессов привело к множеству открытий и созданию новых оригинальных социальных форм, к открытиям в сфере хозяйства, образования, организации самой науки и культуры. Советская научная и общественная мысль завоевали тогда большой авторитет в мировом сообществе, которое, в свою очередь, оказало большую поддержку советским программам развития.
