Отбирали людей в отряды спецназначения очень тщательно и только добровольцев, имевших опыт ведения боевых действий, многопрофильных военных специалистов, причем таких, которые бы могли в критических ситуациях все, что имеется под рукой, превращать в оружие. Немцы, узнав о заброске в свой тыл таких подразделений, оставляли решение любых задач и в первую очередь старались уничтожить всех до единого бойцов подразделения, ведущего глубинную разведку. Поэтому, высадившись в тылу противника, командир отряда спецназначения первым делом подчинял себе какое-либо партизанское формирование, которое должно было прикрывать его действия, а в случае возникновения опасности сделать все для спасения «фронтовиков», вплоть до гибели партизанского отряда. Командиры групп специального назначения, опергрупп НКВД, командиры формировавшихся в немецком тылу отрядов и их комиссары имели на руках документы-директивы, заверенные командованием войск фронта или руководством НКВД, которые предоставляли им очень большие полномочия, вплоть до уничтожения на месте командира отряда, отказывавшегося выполнять приказ.
В первое время командиры местных партизан, попавших под жесткую руку спецназовцев, противились рейдовому характеру ведения боевых действий в отрыве от созданных баз и оборудованных лагерей, где партизанские отряды несли лишь функции самообороны своих деревень и серьезного вреда противнику причинить не могли. В то же время и действия спецназовцев были не всегда правильными, особенно когда они стремились без учета специфических местных условий, с ходу, в наикратчайшие сроки создать чуть ли не партизанскую армию, мобилизуя в партизаны всех поголовно и противопоставляя привычной местным отрядам тактике ведения боевых действий в зоне рейдовую тактику. Иногда их решения носили скоропалительный характер и не всегда приводили к желаемым результатам.
Но в целом в очень сжатые сроки представителями Центра была искоренена так называемая «партизанщина» среди рядового и начальствующего состава, понимавшаяся многими как вольница, насаждена жесткая дисциплина, которая поддерживалась в том числе и страхом перед созданными при партизанских бригадах особыми отделами НКВД. Партизанские формирования были очищены от морально и политически разложившихся руководителей, повышена бдительность и боеспособность. В состав всех отрядов вводились оперуполномоченные НКВД, осуществлявшие жесткий контроль за деятельностью командования и рядовых партизан. В отрядах и бригадах были созданы оперативно-чекистские отделы, которые оказали значительную помощь партизанскому командованию по ограждению и очищению от немецкой агентуры и предателей, в начале войны запятнавших себя сотрудничеством с оккупантами.
