В январе 1942 года по решению военного совета Калининского фронта руководство партизанским движением было передано военному командованию. С этого времени перестроили свою работу и органы НКВД и НКГБ. Они стали заниматься только оперативной, разведывательной, контрразведывательной и диверсионной работой в тылу войск вермахта. Хотя в это время немецкие войска потерпели поражение в битве под Москвой и значительная часть Калининской области была очищена, оперативная обстановка в оккупированных районах не изменилась. Партизанского движения там почти не было.
Боевая и разведдеятельность партизан не раз становилась предметом обсуждений командования Калининского фронта и Калининского обкома ВКП(б). 24 марта 1942 года бюро Калининского обкома ВКП(б) приняло решение «О мероприятиях по дальнейшему развертыванию партизанского движения в области». В Калинине и других городах области началось формирование из добровольцев отрядов и групп для их переброски в тыл противника. Обком и райкомы ВКП(б) и BЛKCM провели работу среди населения. Сотни юношей и девушек пришли добровольцами в партизаны. В основном это была молодежь непризывного возраста. С апреля 1942 года партизаны приравнивались к военнослужащим и пользовались их правами. Члены их семей стали получать пособия и пользоваться льготами, которые распространялись на красноармейцев. Например, партизаны, воевавшие в Идрицком и Себежском районах, относились к войсковой части «полевая почта 48983». С конца зимы 1942 года начала проводиться массовая засылка в немецкий тыл опергрупп НКВД. 18 января 1942 года для осуществления широкомасштабной разведывательно-диверсионной зафронтовой деятельности, для оказания содействия советским и партийным органам в организации и боевой деятельности партизанских формирований 2-й отдел НКВД был реформирован в 4-е управление НКВД. В составе внутренних дел НКВД Белоруссии и Украины соответственно были созданы 4-е управления, а 4-е отделы УНКВД краев и областей были переподчинены 4-му управлению НКВД Центра и соответствующим наркоматам внутренних дел Белоруссии и Украины.
Однако складывавшаяся на оккупированной территории весной 1942 года обстановка показала, что НКВД не может охватить своими силами и средствами растущее партизанское движение. Необходимость централизованного военно-оперативного руководства им с каждым месяцем назревала все острее.
Еще на исходе лета 1941 года первый секретарь ЦК ВКП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко по своей инициативе написал на имя Сталина докладную записку «К вопросу о постановке диверсионной работы в тылу врага». Ее содержание было основано на трехмесячном опыте партизанской войны. Особая роль в ней отводилась доказательству эффективности диверсионной работы в тылу вражеских войск, особенно на коммуникациях противника. П.К. Пономаренко предлагал перейти от длительной подготовки диверсантов-одиночек или групп, сформированных из «классиков-диверсантов», к широко организованной, планомерной, массовой работе. Необходимо было искоренить кустарщину, разобщенность, использовать охотно оказываемую партизанам помощь населения. В докладной записке предлагалось централизовать руководство партизанским движением и диверсионной работой.
