Однако 6 июля 1940 г. произошла серьезная авария. Летчик А.Г. Прошаков во время выполнения "бочки" допустил ошибку. Создав большую отрицательную перегрузку, он попал в перевернутый штопор, не смог опустить нос самолета (по словам летчика, "ручка пружинила") и покинул машину. После этого истребитель самостоятельно вошел в нормальный штопор с углом 60–70°
Ульяхин после беседы с Прошаковым и изучения всех обстоятельств на 5 страницах описал свои соображения и выводы по этой аварии: "…летчик Прошаков допустил ошибку в тех. пилотирования, и самолет И-180 выполнил обратную "бочку" или, другими словами, перевернутый скоростной штопор. Первое, что меня поразило при встрече с т. Прошаковым, это большие кровоподтеки глаз (белки были черно-красные), что является неопровержимым доказательством того, что летчик перенес отрицательную перегрузку". Подробно разобрав все действия Прошакова, Ульяхин считал решение покинуть самолет правильным, так как"… с таким кровоизлиянием глаз он не мог нормально произвести посадку… Я еще раз подтверждаю, что самолет не имеет никакой разницы в технике пилотирования с И-16 и поэтому не может быть с этой стороны дискредитирован".
Но беда не приходит одна. Из-за дефектов в эксплуатации был снят с производства двигатель М-88. 13 августа полеты на И-180 запретили и остановили его серийную постройку. Несмотря на это, в ОКБ продолжали совершенствовать истребитель, разработав, в частности, вариант с двумя турбокомпрессорами ТК-1.
Тем временем моторостроители срочно занялись доводкой М-88 (он устанавливался также на бомбардировщик ДБ-ЗФ), и вскоре были получены обнадеживающие результаты. Это позволило Поликарпову поставить вопрос о возобновлении серийной постройки И-180, и с октября 1940 г. по решению НКАП выпуск И-180 возобновился. К этому времени был изготовлен полный комплект технологической оснастки, обеспечивающей поточное производство.
"Работа по самолету И-180 начинает развертываться не только по войсковой серии, но и по первой и по второй сериям… Основным вопросом, тормозящим окончание и облет самолетов И-180, является вопрос с мотором М-88", — писал Поликарпов Яковлеву 3 ноября (двигатель прошел повторные госиспытания лишь в декабре 1940 г.).
Для выпуска массовой серии ОКБ разработало модификацию И-180-эталон 1941 г.(Е-5). Он отличался измененной конструкцией центроплана, перенесенным под кабину маслорадиатором, установкой радиостанции РСИ-4 и новым безредукторным мотором М-88А. Предусматривалась и более мощная модификация двигателя — М-89 в 1350 л. с (6) С ним максимальная скорость И-180 должна была достичь 650 км/ч.
