Политика правительства подверглась резкой критике теперь уже не только по экономическому, но и политическому реформированию и по внешнеполитическому курсу Горбачева.
С осени 1989 г. процесс политической дестабилизации вступил в новую фазу. В рамках самой партии он выразился в том, что партия фактически раскололась не только по идеологическим признакам – сталинисты, ленинцы, марксисты, реформисты, но и по национально-республиканскому.
В начале декабря 1989 г. Верховные Советы прибалтийских республик отменили 6 статью Конституции СССР. Между Арменией и Азербайджаном до предела обострились отношения из-за Нагорного Карабаха. Если в начале года союзные власти ввели там прямое союзное управление, надеясь таким образом разрешить проблемы, то в конце года вернули Нагорный Карабах под юрисдикцию Азербайджана. Верховный Совет Армении ответил на это принятием резолюции об объединении Нагорного Карабаха с Арменией. Конфликт из-за Нагорного Карабаха перерос в полномасштабную войну между военными формированиями Азербайджана и Карабаха, при активной поддержке последнего Арменией.
К концу года, в результате достигнутой экономической самостоятельности Литвы, Латвии и Эстонии, начался выход местных коммунистов из состава КПСС. Все эти акции дополнялись идеями выхода прибалтийских республик из состава СССР на основании незаконности их присоединения к СССР в 1940 году.
Эта проблема стала предметом обсуждения на II Съезде народных депутатов СССР, который проходил с 12 по 24 декабря. Договор между СССР и Германией, известный как пакт Молотова-Риббентропа от 23 августа 1939 г., подвергся переоценке в контексте общей переоценки советской истории. Для части политической элиты Прибалтики интерпретация этого договора (и секретного протокола к нему) как сговора двух агрессоров – СССР и Германии – послужила в качестве национальной идеи и обоснования выхода из состава СССР. Еще с 1987 года общественное мнение по поводу этого договора формировалось в республиканской прессе. Теперь оценку этого документа и сами события предвоенной истории СССР предлагалось дать на союзном уровне. В этом депутаты из Прибалтики нашли поддержку у российских демократов. В конечном итоге, Съезд осудил не только сам документ, но и признал его юридическую несостоятельность, чем обеспечил юридическое обоснование выхода республик из Союза. Фактически была легализована сама проблематика сепаратизма как некой естественной составляющей общедемократического процесса Перестройки.
