Живя в Лхасе, он также преподавал философию Мадхъямика в собственной, чрезвычайно оригинальной интерпретации. Его ученик Да-ва-санг-бо, последователь школы Ньингма, конспектировал его лекции и позже включил свои конспекты и раннее эссе Гедуна Чопела о правильном восприятии (записанное в блокноте) в книгу под названием «Верное изложение глубинных основ срединности: украшение мысли Нагарджуны». Книга была опубликована в Лхасе и затем в Калимпонге в 1951 году. В работе подвергаются критике взгляды на философию Мадхъямика знаменитого Цонкапы, основателя школы Гелугпа и поэтому главного объекта поклонения в университетах, где учился Гедун Чопел, — Дра-ши-кьиле в Амдо и Дре-пунг Го-манге в Лхасе. Гедун Чопел предупредил Да-ва-санг-бо, что после его смерти книга вызовет множество споров и подвергнется ожесточенным нападкам, и призвал своего ученика к осторожности.
Монгольский ученый Геше Гел-ден, обосновавшийся в Нью-Джерси, рассказал мне о случайной встрече с подвыпившим Геду-ном Чопелом на улицах Лхасы. Гедун Чопел завел его в какой-то дом и там чрезвычайно доходчиво изложил ему свою интерпретацию Мадхъямики. Геше Гел-ден был поражен способностью Гедуна Чопела сохранять ясность мысли даже в состоянии опьянения, что напоминает о его юношеском поступке, когда он продемонстрировал силу своей концентрации, рисуя в нетрезвом виде.
По некоторым сведениям, он был автором иллюстрированных книг по истории Индии и Цейлона, но они не сохранились.
Гедун Чопел критиковал сложный анализ Цонкапы философии Мадхъямика за обилие подчас запутанных и трудных для понимания тонкостей. В частности, он считал заумью различие, которое делал Цонкапа между существованием и самообусловленным существованием, и его утверждение о том, что в пустоте объектом отрицания является только самообусловленное существование. Действительно, Цонкапа заявляет, что, пока человек не постиг пустоту, он не может правильно отличить существование от самообусловленного существования, но в то же время настаивает на том, что первый этап при медитации на пустоту — уяснить для себя, что есть самообусловленное существование и как оно представляется уму. Последователи Цонкапы пытаются сгладить это явное противоречие, объясняя, что первое постижение самообусловленного существования происходит посредством простого верного предположения, а не правильного восприятия.
Тем не менее в своей критике Гедун Чопел подчеркивает необходимость постижения пустоты медитативным путем, призывая не довольствоваться употреблением терминологии, значение которой не понято и не пережито на собственном опыте. Он заключает, что, не обращая внимания на все вербальные различия, нужно на деле опровергать горшок, колонну, существование, несуществование и тому подобное; при этом не следует забывать об основном объекте в стремлении к опровержению некоего отдельно взятого самообусловленного существования. Эта точка зрения, по его мнению, характерна и для последователей Ньингма, а также для ученых-эмпириков Гелугпа, таких, как Джанг-гья Рол-бэй-дор-же, Гунг-танг Кон-чок-ден-бэй-дрон-ме и Первый Панчен-лама Ло-санг-чо-гьи-гьел-цен. Джанг-гья замечает:
