В 1921 году Гедун Чопел перешел в крупный монастырский университет традиции Гелугпа Дра-ши-кьил, основанный в 1710 году Джам-янг-шэй-па и расположенный в восточной части Амдо (теперь он включен в провинцию Ганьсу). Там он стал еще более известен благодаря выдающимся способностям в ведении философских дебатов и бунтарскому нраву, а также отличился тем, что сам сконструировал и построил маленькую моторную лодку, в которой пересек озеро около Дра-ши-кьила. Тогда же он познакомился с отцом Грибиноу, американским миссионером, который несколько лет прожил в городке неподалеку от монастыря. Он помогал Гедуну Чопелу в строительстве лодки.
В 1927 году под давлением начальства Дра-ши-кьила, недовольного критическими замечаниями Гедуна Чопела по содержанию учебников, ему пришлось перевестись в колледж Го-манг университета при монастыре Дре-пунг на окраине Лхасы — города в центре Тибета. В Го-манге его наставником был влиятельный ученый Шу-раб-гья-цо — советник Далай-ламы XIII, который после коммунистического переворота стал председателем Всекитайской буддийской ассоциации и вице-президентом провинции Цинхай. И учитель, и ученик отличались живостью ума, и Гедун Чопел нередко оспаривал учения Ше-раб-гья-цо. В конце концов Гедун Чопел, которого его наставник прозвал безумцем, перестал посещать занятия. Свое решение он объяснял так: «Хотя Ше-раб делает вид, что преподает мне тексты, он мне и в подметки не годится. Я критикую каждое его слово; ни одно занятие не обходится без дебатов. Он даже не обращается ко мне по имени, зовет меня только безумцем».
Он любил вызывать на спор и других ученых мужей. Однажды он появился во дворе, где проводились дебаты, в одежде безграмотного монаха-полицейского и победил в споре монгольского ученого Нга-ванг-лек-дена, который позже стал настоятелем Го-манга. В другой раз, во время дебата с главным наставником соперничающего с Го-мангом колледжа Ло-сел-линг университета Дре-пунг, он занял столь оригинальную позицию, что его оппонент замолчал, тем самым признав свое поражение.
Как-то он заявил, что состояния будды не существует, в результате чего был жестоко избит разгневанными монахами, которые силой вынудили его отказаться от своего утверждения. Эта история свидетельствует о силе группового контроля, которая ограничивала аналитические изыскания в учебных заведениях школы Гелугпа. Гедун Чопел, по всей видимости, далеко не всегда прибегал к обычным для тибетских ученых хитростям, посредством которых они делают вид, что их высококритичные аналитические труды лишь разъясняют, а не пересматривают или опровергают суждения известных деятелей. Очевидно, находясь в Го-манге, он уделял мало времени своим занятиям и покинул университет незадолго до экзаменов на ученую степень геше, отказавшись от столь лестного для самолюбия высокого поста.
