И вот среди, казалось бы, ясного неба раздался первый удар нового грома. 29 ноября по пути из Михайловского в Москву, в Пскове, Пушкин получил новое, второе письмо Бенкендорфа, написанное уже совсем в ином, гораздо более неприкрыто сухом и даже жестком тоне. Глава III отделения спрашивал, справедливы ли полученные им сведения о том, что Пушкин читал «в некоторых обществах» «сочиненную… вновь трагедию» до ее предварительного рассмотрения «его императорским величеством». Заканчивалось письмо почти угрожающе: «Сие меня побуждает вас покорнейше просить об уведомлении меня, справедливо ли таковое известие, или нет». Вопрос этот задавался чисто риторически. Бенкендорф через своих агентов точно знал, что свою трагедию Пушкин читал. В то же время в заключающей письмо фразе он делает вид, тем самым особо подчеркивая тяжесть проступка поэта, что не верит этому: «Я уверен, впрочем, что вы слишком благомыслящи, чтобы не чувствовать в полной мере столь великодушного к вам монаршего снисхождения и не стремиться учинить себя достойным оного» (XIII, 307).
Пушкин понял, что дело грозит обернуться не на шутку, и поспешил послать Бенкендорфу извинительное письмо, указывая, что не отвечал ему, «будучи совершенно чужд ходу деловых бумаг», и что «действительно в Москве читал свою трагедию некоторым особам», но сделал это, «конечно, не из ослушания, но только потому, что худо понял высочайшую волю государя». К письму он приложил рукопись своей трагедии, дабы был ясен «дух, в котором она сочинена» (XIII, 308). О том, как Пушкин был встревожен, наглядно показывает написанное им в тот же день письмо к М. П. Погодину, редактору нового журнала «Московский вестник», с надписью на конверте «для доставления как можно скорее» и с просьбой в самом письме «как можно скорее» «остановить» в московской цензуре все, что было туда направлено из его произведений: «такова воля высшего начальства»; «покаместь, — добавлял он, — не могу участвовать и в вашем журнале…» В то же время поэт надеялся, что после его ответа Бенкендорфу и посылки трагедии царю все благополучно разрешится: «все перемелится и будет мука» (XIII, 307). Однако Пушкин не подозревал, что история с чтениями «Бориса Годунова» была только одним звеном, и притом не самым главным, в той невидимой цепи, которой начали опутывать «всемилостивейше» выпущенного на волю поэта почти с первых же дней по возвращении его из ссылки. На самом деле еще 25 октября, то есть почти за месяц до письма-запроса Бенкендорфа об этих чтениях, царь утвердил решение особой комиссии военного суда, действовавшей под непосредственным руководством его брата, великого князя Михаила Павловича, о привлечении Пушкина по делу о пресловутых стихах «На 14 декабря».
