Он испытывал действие других многочисленных субстанций на себе, на членах семьи и друзьях.
В 1796 г. он впервые сформулировал новое правило лечения: «Подражая природе, которая иногда лечит хроническую болезнь другой, присоединившейся, при излечении болезни (преимущественно хронической) используют такое средство, которое в состоянии вызывать другую, по возможности подобную, искусственную болезнь, и та будет излечена: Similia similibus.»
В 1810 г. он опубликовал свою основную работу «Органон врачебного искусства», в которой он излагает теорию и практику гомеопатии. При его жизни книга выходила в пяти изданиях и была переведена на десять языков. Шестое издание было опубликовано только через 80 лет после его смерти.
Ганеманн неоднократно был вынужден менять свое местожительство, чтобы смягчить немилость своих коллег и аптекарей.
В 1811 г. он переехал в Лейпциг, чтобы читать лекции в университете о своем новом лечебном методе.
Блестящие результаты излечений, которых он достиг при лечении гомеопатическими препаратами, в частности, при эпидемиях холеры и тифа, возбудили ярость его коллег и лейпцигских аптекарей. Он сам изготовлял свои лекарства и сам вручал их своим пациентам, что, само собой разумеется, раздражало аптекарей. В 1819 г. лейпцигские власти запретили ему изготовление и выдачу гомеопатических препаратов. Вследствие этого его дальнейшая врачебная деятельность в Лейпциге стала невозможной.
Вскоре после этого герцог Кетена предложил ему место лейб-медика с разрешением спокойно заниматься своим лечебным методом внутри герцогства и самому выдавать свои лекарства. В 1821 г. Ганеманн переехал в Кетен. Кетенское пребывание было посвящено изучению медицинских трудов, писательской деятельности и лечению больных.
В 1830 г. умерла его 67-летняя жена Генриетта, с которой он прожил 48 лет и с которой вырастили 10 детей. Он продолжал дальше жить в Кетене со своими двумя дочерьми.
В 1831–1832 годах Ганеманн имел большой успех при лечении эпидемии холеры. К этому времени гомеопатия получила большой подъем не только в Германии, но также в Америке, Англии, Венгрии, Франции, Италии и других странах.
В 1834 г. из Парижа в Кетен приехала на лечение некая маркиза Мария Мелани д'Ервилли. Это была 34-летняя художница и поэтесса. Между Мелани и Ганеманном возникла любовь с первого взгляда, и, несмотря на противодействие семьи, через шесть месяцев они поженились. Ганеманну было почти 80 лет. Большую часть своего имущества он завещал своим детям и в 1835 г. уехал в Париж, где вскоре вместе с женой он вел оживленную практику. Он переживал вторую молодость и упорно работал над дальнейшим развитием гомеопатии. Он даже развил новый метод потенцирования LM / Q- потенциями.
