В Париже вдова Ганеманна Мелани переживала большие трудности. Вместе со своим мужем она практиковала как гомеопат, и была, как писал Ганеманн, очень тонким и хорошим гомеопатом. Для нее, как неврача, было очень трудно практиковать самостоятельно. Многократно она пытается убедить Беннингхаузена переехать в Париж и продолжать практику и деятельность покойного мужа.
Однако Беннингхаузен отклоняет предложение. Тогда она пытается укрепить контакт с Беннингхаузеном и найти защиту для своей гомеопатической деятельности другим путем: она предлагает ему выдать замуж свою приемную дочь за одного из его сыновей, который также является гомеопатом. Она даже навещает Беннингхаузена в Мюнстере, чтобы убедить его. В 1857 г. Карл фон Беннингхаузен женится на Софи Борер, приемной дочери Мелани Ганеманн, и начинает практиковать в Париже. Однако через 13 лет вспыхивает немецко-французская война, и молодая пара вынуждена вернуться в Германию. Клеменс после окончания войны остался в Германии.
Младший сын Беннингхаузена, Фридрих, сначала изучал юриспруденцию, чтобы позднее посвятить себя изучению медицины. Впоследствии он работает вместе со своим отцом и после его смерти дальше продолжает оживленную практику.
Практика Беннингхаузена была одной из больших гомеопатических практик своего времени. Его пациентами были очень известные личности. Даже императрица Евгения из Франции искала у него совета. Через шесть лет Французский император Наполеон награждает его орденом Почетного Легиона. Однако Беннингхаузен не ограничивается чисто практической деятельностью. Его печатные статьи являются такими же впечатляющими:
«Систематический алфавитный реперториум антипсорических препаратов», позднее следующий за ним «Систематический алфавитный реперториум неантипсорических препаратов», «Лечение и профилактика азиатской холеры», «Опыт гомеопатической терапии перемежающейся лихорадки», «Гомеопатия, книга чтения для образованной неврачебной публики», «Опыт о сродстве гомеопатических препаратов», «Терапевтический справочник для гомеопатов-врачей», «Стороны тела и сродство», «Гомеопатический домашний врач в коротких терапевтических диагнозах», «Гомеопатическое лечение коклюша», «Журнал больных» и его последняя работа «Афоризмы Гиппократа вместе с краткими комментариями гомеопата» являются лишь некоторыми примерами этого.
Зимой 1864 г. он переносит апоплексический удар и умирает 26-го января в Мюнстере, где и похоронен. Его могила была разрушена при воздушном налете во время второй мировой войны.
