В 1820 г. скончалась его жена, больная раком. В 1822 г. он получает должность генерального секретаря кадастра и женится вторично на Марии Армани Христине Алоизии фон Гамм, от которой он имел двух дочерей и шесть сыновей.
Его новая деятельность в качестве кадастр-комиссара давала ему возможность ездить вдоль и поперек края и оставляла ему достаточно времени на изучение растительного мира этой провинции. Вскоре вышла из печати его важнейшая работа по ботанике «Prodromus florae Monasteriensis Westphalorum». После его назначения в государственный совет в 1826 г. он был избран директором Ботанического Парка Мюнстра.
В 1827 г. Беннингхаузен заболел чахоткой. Его состояние ухудшалось на глазах и врачи не давали ему шансов на выздоровление. Он написал прощальное письмо своему любимому другу ботанику др. Вайе, не зная о том, что тот убежденный гомеопат. Потрясенный Вайе осведомился о подробном описании жалоб Беннингхаузена и назначил ему одну дозу Pulsatilla C30. Через девять месяцев безнадежного состояния Беннингхаузен впервые снова увидел свет: на фоне гомеопатического лечения он делал быстрые успехи в выздоровлении и находился под сильным впечатлением этого «чудесного исцеления».
Он вскоре стал одним из ревностных студентов-гомеопатов и после изучения гомеопатической литературы и проведения некоторых испытаний препаратов, он начал работать в качестве гомеопата.
Только в 1833 г. он лично встретился с Ганеманном. До этого он имел только письменный контакт с ним. Ганеманн, который с глубоким уважением почитал Беннингхаузена, даже выдает ему свидетельство, в котором подтверждает его квалификацию гомеопата.
Появились статьи, брошюры и его известнейшая работа, самый первый реперториум. Ганеманн воодушевлен этой работой и пишет предисловие к нему (реперториум = указатель симптомов препаратов).
Как дилетант-гомеопат он не минует критики врачей. Беннингхаузен был успешным и известным гомеопатом и за короткое время приобрел большую клиентуру, что вызвало у многих врачей ревность и зависть.
В 1836 г, через семь лет после начала деятельности в качестве гомеопата, распоряжением министерства ему запретили применение гомеопатии. Беннингхаузен опубликовал этот запрет в свободной газете. Бюргеры западной церкви вмешались и послали петицию королю с просьбой дать Беннингхаузену разрешение на практику. Петиция была отклонена.
Беннингхаузен не очень обеспокоился этим запретом. Хотя количество его пациентов сократилось вдвое, однако он все еще имел оживленную практику. Как он пишет Ганеманну, почти все представители органов власти являются его пациентами, что гарантирует ему определенную защиту.
