Особое значение российские власти придавали институту военного мусульманского духовенства – полковые муллы служили при многих частях, получая аналогичное полковым священникам жалованье (а нередко и большее), рекруты мусульмане приносили присягу в мечетях. С 1845 года должности военных имамов были введены во всех портах Российской империи. Ко времени Первой мировой войны мусульманам-военным были предоставлены возможности питаться халяльной пищей и получать приемлемые для них награды – например, сделанный в виде медали Георгиевский крест. Мусульмане служили в гвардейских частях, их дети свободно учились в кадетских корпусах, а из лучших кавказских наездников была сформирована Дикая или Туземная дивизия, в составе которой было 6 полков – Дагестанский, Кабардинский, Чеченский, Ингушский, Черкесский и Татарский общей численностью до полутора тысяч человек. Следует отметить, что первая мечеть в Москве, ныне именуемая Исторической, была построена в ознаменование подвигов татарских и башкирских полков, доблестно сражавшихся в Отечественной войне 1812 года.
За хорошую службу муфтии и муллы получали те же привилегии, что и представители православного духовенства. Так, известно, что кавказский муфтий Хусейн Гаябов за особые заслуги перед государством был награжден высоким орденом Святого князя Владимира. Примечательно, что в 2001 году такой же орден был вручен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II председателю Управления мусульман Кавказа шейх-уль-исламу Аллахшукюру Паша-заде.
Политика Российской империи по отношению к исламу была сформулирована в точной фразе из постановления Государственного Совета в 1887 году. «Мусульмане свободны в отправлении своего культа при условии, что это не будет вредить Православной Церкви», – говорилось в нем. Во второй половине XIX века в среде Поволжской интеллигенции возникло реформаторское движение джадидизм (от араб, «усул-и-джадид» – новый метод), которое изначально касаясь только области образования, впоследствии затронуло и другие стороны жизни мусульманского сообщества. К 80-м годам XIX века джадидизм оформился в мощное общественно-политическое движение, представители которого требовали реформировать духовное образование, а также призывали развивать науку, просвещение и книгоиздание– Именно джадиды стали в 1905 году инициаторами создания первой мусульманской политической партии – либерально-демократического движения «Иттифакаль-муслимин».
