Зоной юрисдикции новой организации была объявлена вся Россия и европейские страны СНГ. 22 февраля 1993 года ВКЦДУМР прошел регистрацию в Минюсте, после чего в период с 15 августа 1993 года по 11 декабря 1994 года в негр вошли Межрегиональное ДУМ Среднего Поволжья (Меж региональное ДУМ Саратовской, Пензенской и Волгоградской областей), ДУМ РБ, ДУМ РТ, ДУМ Сибири (ДУМ Тюменской области), ДУМ стран Балтии, Духовный центр мусульман Республики Ингушетия, ДУМ Кабардино-Балкарской Республики, ДУМ Беларуси, ДУМ Республики Адыгея и Краснодарского края, ДУМ «Ассоциация мечетей» и ДУМ Оренбургской области – Бугурусланский муфтият. Как следует из перечня членов ВЦКДУМР, в него вступили не только оппозиционные ДУМЕС управления – северокавказские муфтияты всегда были дружественны Таджуддину, равно как и ДУМы Беларуси и Балтии. Они примкнули к ВКЦ ДУМР скорее благодаря его активной рекламной кампании. В итоге членство большинства муфтиятов в ВКЦ ДУМР оказалось чисто формальным, а сама эта организация стала своеобразной надстройкой над ДУМ РТ.
Последующие четыре года внутренние взаимоотношения в исламском сообществе России определялись прежде всего противостоянием ДУМЕС и ВКЦДУМР. Инициатива в этой борьбе, как правило, находилась на стороне ВКЦДУМР, однако внутренние противоречия и небезупречный моральный облик некоторых лидеров этой структуры не позволили ей занять доминирующее положение в российской умме. 8-10 ноября 1992 года в Уфе прошел VI чрезвычайный съезд мусульман Европейской части СНГ и Сибири, призванный остановить продолжающийся распад ДУМЕС. Делегаты съезда одобрили действия председателя ДУМЕС муфтия Талгата Таджуддина и осудили раскольников, а также утвердили новый устав ДУМЕС, учитывавший произошедшие за последние годы изменения. (Формально новый устав был предложен на обсуждение еще на V съезде ДУМЕС, однако внесенные на VI съезде изменения носили принципиальный характер, так как учитывали развал Советского Союза и начавшийся раскол ДУМЕС.) По принятому уставу ДУМЕС переименовывалось в Центральное духовное управление мусульман России и Европейских стран СНГ (ЦДУМ), однако официально это название вступило в силу только 6 марта 1994 года, когда новый устав ДУМЕС прошел регистрацию в Министерстве юстиции. VI съезд ДУМЕС сплотил сторонников Таджуддина, которые решительно отказались признать легитимность новых муфтиятов и сузить зону юрисдикции ДУМЕС. Между тем прогрессирующий раскол коснулся уже и новых муфтиятов. 8 ноября 1992 года на II съезде ДУМ РБ вторая жена Нафигуллы Аширова с группой мусульманских активисток спровоцировала скандал, представив прозвучавшую самокритику председателя ДУМ Республики Башкортостан муфтия Нурмухаммада Нигматуллина как свидетельство его профессиональной непригодности, и предложила избрать новым муфтием своего мужа. Такая неожиданная инициатива не нашла понимания у делегатов съезда и возмутительниц спокойствия вывели из зала, однако неудача не смутила чету Ашировых. В дальнейшем Нафигулла Аширов предпринял еще несколько попыток захватить власть в ДУМ РБ, предложив, в частности, создать Зауральское ДУМ на базе общин зауральской Башкирии и Курганской области. Этот проект, в случае его успешной реализации, привел бы к фактическому упразднению ДУМ РБ, большая часть общин которого была сосредоточена именно в юговосточных районах Башкортостана. Сомнительные инициативы Аширова долго прощались ему за бескомпромиссную борьбу с ДУМЕС, однако в конце концов терпение Нигматулина лопнуло. В 1994 году Аширов был вынужден оставить должность первого заместителя председателя ДУМ РБ и надолго покинуть Уфу.
