Другой будущий лидер оппозиции, Г. Попов, выразил свое разочарование началом работы Съезда, обвинив в этом неразумное большинство депутатов, не признающих плюрализм мыслей и действующих под диктовку аппарата. Правда, было непонятно, о каком аппарате идет речь — государственном, партийном или парламентском. Поступало же так «неразумное большинство» Съезда, по мнению Гавриила Харитоновича, только для того, чтобы сформировать послушный воле аппарата Верховный Совет и продолжать оказывать давление на «прогрессивное крыло» руководства страны уже от имени Верховного Совета.
Поэтому, по его словам, остается подумать об изменении позиций. Во-первых, группа региональных московских депутатов от научных организаций, от творческих союзов считает необходимым выйти из общемосковской делегации. Он предлагал подумать о сформировании межрегиональной независимой депутатской группы и приглашал всех товарищей депутатов, чтобы они к этой группе присоединились.
Действительно, в конце июля 1989 года в Москве, в Доме кино состоялось первое собрание Межрегиональной депутатской группы (МДГ). Были избраны сопредседатели группы — Афанасьев, Ельцин, Пальм, Попов, Сахаров. Собрание межрегиональщиков широко освещалось средствами массовой информации, особенно телевидением. Был создан Координационный совет, в который вошли такие депутаты, как Собчак, Травкин, Станкевич, Полторанин, Бурбулис и др. Депутаты от прибалтийских республик выразили желание, чтобы их членство в группе формально не фиксировалось.
Так оформилась легальная оппозиционная структура в нашей стране. Она объединила многих из оппозиционно настроенных депутатов, стала основной силой, организатором разрушительных процессов в конце 80-х годов, закончившихся распадом государства. Лидеры группы и Координационного совета года через два вошли во власть, возглавили Россию, Москву и Ленинград.
Вначале из тактических соображений, по-видимому, руководство группы продекларировало умеренные цели — оказывать воздействие на республиканские и местные органы власти. В их документах говорилось, что группа будет готовить поправки к документам Верховного Совета СССР и Съезда, выдвигать новые проблемы, «не противопоставлять себя Верховному Совету, а, напротив, радикализовать сам Верховный Совет, чтобы он скорее начал в полной мере выражать то, что требует народ».
Прошло немного времени, и стало ясно, что МДГ как депутатская фракция не намерена была ограничивать себя рамками только парламентской деятельности. Она все больше и больше претендовала на особую роль в политической жизни страны. С первых же собраний группы было ясно, что она вступила в конфронтацию со Съездом народных депутатов, с Верховным Советом СССР, с местными органами власти и депутатами, которые не вошли в ее состав. Явно прослеживалось, что группа, объединяющая меньшинство депутатов, претендует на то, чтобы отражать мнение большинства народа и стать реальной силой, противостоящей «партократическим замашкам». На Втором съезде межрегиональщики заявили о принципиальном расхождении между ними и большинством депутатского корпуса. По поручению МДГ Афанасьев с трибуны Съезда сделал официальное заявление и назвал те разногласия, которые побудили группу перейти в оппозицию.
