Хотя выселение неблагонадежных элементов и нанесло серьезный урон антисоветскому подполью в Прибалтике, однако полностью предотвратить выступления националистов после нападения Германии на СССР не удалось. В особенности это касалось Литвы, куда немецкие войска вторглись буквально в первые часы войны и сразу же встретили добровольных помощников в лице так называемых «партизанских отрядов».
Из донесения командира айнзатцгруппы А бригадефюрера СС Франца Штальэккера о деятельности группы в оккупированных областях Белоруссии и Прибалтике:
«I. Организационные мероприятия
I. Формирование вспомогательной полиции и защитных команд
Ввиду увеличения вверенной нам территории, а также большого количества задач, решаемых полицией безопасности, мы с самого начала стремились к привлечению надежного населения к борьбе против вредителей в собственной стране, в первую очередь против евреев и коммунистов. Кроме управления спонтанными акциями по самоочищению, мы заботились также о вовлечении надежных сил в работу по очистке, с тем чтобы сделать гас постоянными вспомогательными органами полиции безопасности.
Ещё в начале восточной кампании активные национальные силы Литвы объединились в так называемые партизанские соединения, чтобы активно участвовать в борьбе против большевизма. По га собственным данным, они потеряли 4000 человек.
В Каунасе образовались четыре крупные партизанские группы, с которыми сразу же была установлена связь. Общее руководство группами не осуществлялось, но каждая из них старалась действовать в возможно более тесном контакте с вермахтом. Поскольку участие партизан в военных действиях было невозможно по политическим мотивам, в короткий срок из надёжных элементов недисциплинированных партизанских групп были сформированы вспомогательные части численностью 300 человек командование которыми было поручено литовскому журналисту Климайтису.
