В 1535 г. флот иоаннитов совместно с испанскими кораблями совершил один из первых рейдов на алжирских пиратов Хайруддина Барбароссы. Начав поход из Сардинии и города Порто-Фарино, испанцы и рыцари осадили и взяли турецкую крепость Гулетту — арсенал Барбароссы, освободив около 10.000 христианских пленников и захватив 300 пушек и 87 галер. Штурмом был взят и разграблен город Тунис, в котором рыцари не остались, а вернулись домой.
* * *
Во времена Реформации произошли значительные изменения в структуре Ордена.
В 1540 г. в Англии король Генрих VII, яростно боровшийся с папским Римом, запретил деятельность Ордена на подвластной ему территории и конфисковал имущество английских госпитальеров (в Англии Орден был восстановлен указом королевы Виктории лишь спустя более 300 лет — в 1888 г.). Вместо английского "Языка" в структуре Ордена появилась Бавария.
В том же году магистр и рыцари бальяжа Бранденбург приняли лютеранство. Так в Пруссии была образована самостоятельная ветвь Мальтийского ордена, члены которого исповедывали лютеранство [48].
Войны с Турцией. Потеря Триполи
Осенью 1541 г. флот Ордена участвовал в походе тридцатитысячной армии Карла V на Тунис — опорный пункт североафриканских пиратов. На рейде Алжира испанскую флотилию разметала буря, потопив 15 больших галер и 86 других кораблей. Четыре галеры Мальтийского ордена уцелели и с остатками испанского флота вернулись домой.
В 1547 г. на Мальте ненадолго высадился турецкий отряд, который ограбил несколько селений и быстро покинул остров.
В 1551 г. турецкое войско напало и разграбило плохо укрепленные районы островов Мальта и Гоццо, при этом 6300 местных жителей были угнаны в рабство. Иоанниты начали укрепление островов и своей столицы Gitta notable. У входа в Большую гавань они выстроили форт Сент-Эльмо, заново отстроили форт Сан-Анжело, город Биргу, построили форт Сан-Микаэль для защиты нового города Сенглеа.
В 1551 г. турецкое войско на 112 галерах, 2 галеасах, 3 транспортных судах и бригантине, везших 12.000 солдат во главе с Синам-пашой, попыталось высадиться на Мальте, но было отброшено иоаннитами и ушло к Триполи замок, мужественно защищаемый рыцарским гарнизоном во главе с комендантом маршалом Ордена Гаспаром де Валлье, был взят.
Через девять лет галеры Мальтийского ордена совместно с испанцами участвовали в попытке возвращения этого важного стратегического порта в Северной Африке, но Триполи отбить не удалось.
