В основе взаимоотношений Правительства РФ с органами государственной власти субъектов Федерации лежит положение о том, что в пределах ведения Российской Федерации и ее полномочий по предметам совместного с субъектами Федерации ведения федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов Федерации образуют единую систему исполнительной власти в Российской Федерации. Правительство РФ координирует деятельность органов исполнительной власти субъектов РФ и осуществляет контроль за их деятельностью по вопросам совместного ведения.
Основные правила организации деятельности Правительства (планирование его заседаний, организация работы его членов, порядок внесения в Правительство и рассмотрения проектов актов, организация заседаний Правительства и другие вопросы) урегулированы в Регламенте Правительства РФ.
Всестороннее обеспечение и обслуживание деятельности Правительства возложено на Аппарат Правительства РФ, который возглавляется Руководителем Аппарата Правительства (члена Правительства), назначаемого и освобождаемого от должности Президентом РФ по представлению Председателя Правительства РФ.
Указом Президента Российской Федерации от 24 сентября 2007 г. № 1274 «Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти» утверждена структура всей системы федеральных органов исполнительной власти, включающая в себя федеральные министерства, службы, агентства, государственные комитеты. Эти органы могут находиться в непосредственном ведении и подчинении Президенту Российской Федерации, Правительству РФ или соответствующему федеральному министерству РФ.
Федеральные министерства являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной актами Президента РФ и Правительства РФ сфере деятельности. При этом под функциями по принятию нормативных правовых актов понимается издание на основании и во исполнение Конституции РФ и федеральных законов обязательных для исполнения органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими лицами и гражданами установленных Конституцией РФ, федеральными законами и другими нормативными правовыми актами общеобязательных правил поведения, распространяющихся на неопределенный круг лиц. Министерство возглавляет входящий в состав Правительства РФ федеральный министр. Осуществляя координацию и контроль деятельности находящихся в ведении министерства федеральных служб и агентств, федеральный министр осуществляет следующие функции: утверждает ежегодный план и показатели деятельности федеральных служб и агентств, а также отчет об их исполнении; вносит по представлению их руководителей в Правительство РФ проекты положений о соответствующих федеральных службах и агентствах, а также предложения о предельной штатной численности и фонде оплаты труда работников этих органов; вносит в Правительство РФ проекты нормативных правовых актов, относящихся к определенным сферам деятельности министерства и находящегося в его ведении федеральных служб и агентств, если принятие таких актов относится к компетенции Правительства РФ, во исполнение поручений Президента РФ и Председателя Правительства РФ дает поручения федеральным службам и агентствам и контролирует их исполнение; отменяет противоречащие федеральному законодательству решения федеральных агентств и служб, если федеральным законом не установлен иной порядок отмены; назначает на должность и освобождает от должности по представлению руководителей федеральных служб и агентств их заместителей и руководителей территориальных органов федеральных служб и агентств; вносит в Министерство финансов РФ предложения по формированию бюджета и финансированию федеральных служб и федеральных агентств. Министерство в установленной сфере деятельности не вправе осуществлять функции по контролю и надзору, правоприменительные функции, а также функции по управлению государственным имуществом, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента РФ.
