Действия соединений и частей Дунайской флотилии в период освобождения Румынии и Болгарии получили высокую оценку командования. Имя С. Г. Горшкова не раз упоминалось в приказах Верховного Главнокомандующего.
В последние месяцы 1944 года корабли и катера флотилии высадили 20 тактических десантов, осуществили переправу около миллиона войск с вооружением и техникой, очистили от мин 2,5 тысячи километров рек. Они участвовали в освобождении Белграда и Будапешта.
Родина высоко оценила боевые действия Дунайской военной флотилии, наградив ее орденами Красного Знамени, Нахимова I степени и Кутузова II степени.
В январе 1945 года вице-адмирал С. Г. Горшков — новое звание ему было присвоено в сентябре 1944 года — назначается командующим эскадрой кораблей Черноморского флота. В представлении его на эту должность было написано:
«Назначение тов. С. Г. Горшкова на должность командующего эскадрой преследует цель дать боевое ядро флота в руки опытного, решительного и боевого адмирала». Вскоре Сергей Георгиевич прибыл к новому месту службы и сразу же понял всю сложность предстоящей работы. Многие корабли, поврежденные в ходе боев, нуждались в капитальном ремонте. Нужно было восстановить места базирования, а с окончанием войны организовать планомерную боевую и политическую подготовку личного состава.
В те дни Сергей Георгиевич часто выезжал в места докования кораблей, на заводы, на стоянки кораблей, советовался с инженерами, организуя ремонт кораблей силами личного состава. В напряженных, до краев наполненных флотских буднях наступил день, ставший точкой отсчета дней мира, — долгожданный, неизбежный, завоеванный День Победы.
Закончилась жесточайшая из войн, но еще не один год вся наша страна и военные моряки в том числе залечивали нанесенные фашистами раны.
В первые послевоенные годы вице-адмирал С. Г. Горшков много сил отдает совершенствованию боевого мастерства личного состава, отработке задач, организации боевой учебы с учетом опыта Отечественной войны.
Он хорошо помнил войну.
«Период командования С. Г. Горшковым эскадрой Черноморского флота — это был расцвет его деятельности, — пишет адмирал В. С. Сысоев. — В эти годы на эскадре были выработаны многие принципы морской службы на плавающих соединениях. Достаточно сказать о вошедших в то время в практику боевой подготовки эскадры Черноморского флота, а позже и других флотов системе сбор-походов, практике сдачи экзаменов на самостоятельное управление кораблем, боевой частью, заведованием от матроса до командира корабля и соединения. Нам, служившим в то время на эскадре, было видно, с какой настойчивостью вводил Сергей Георгиевич эти и другие новшества, ставшие потом основой руководящих документов для плавающих соединений. Можно смело утверждать, что эскадра Черноморского флота в то время была образцовым соединением и именно здесь была заложена основа школы морской службы С. Г. Горшкова. Не случайно из состава эскадры Черноморского флота вышли многие видные военачальники, ставшие потом командующими флотами и заместителями Главнокомандующего. Среди них можно назвать таких, как адмирал флота С. М. Лобов, адмирал В. В. Михайлин, адмирал-инженер В. Г. Новиков и другие».
