С планом нанесения удара по Пёрл-Харбору было поручено ознакомиться 36-летнему капитану II ранга Гэнда Минору, начальнику оперативного отдела 11-го воздушного флота. Командир группы летчиков-акробатов морской авиации, специалист по торпедам и способный военный теоретик, он с воодушевлением взялся за дело, так как верил в авианосцы как современное оружие и убеждал всех в том, что самолеты способны топить корабли.
После участия в войне в Китае Гэнда служил помощником военно-морского атташе в Лондоне, когда 11 ноября 1940 года группа из двадцати одного торпедоносца с английского авианосца «Илластриес» потопила в гавани Таранто линкор и вывела из строя два других. Вернувшись в этом же месяце в Японию и получив план операции, Гэнда одобрил идею внезапного авиационного удара по американской базе, но внес в него существенные изменения. Ямамото отказался от использования огневой мощи линкоров, планируя свою операцию против Пёрл-Харбора. Он сделал ставку на авианосцы, которые должны были нанести "катамици когеки" — безответный удар — своими самолетами. Однако адмирал не был до конца последователен и предполагал, что, исчерпав горючее, летчики приводнятся в океане. Уцелевших пилотов подберут эсминцы и подводные лодки. Ямамото готов был принести в жертву всех своих летчиков ради разгрома флота противника. Гэндо, напротив, отверг самурайский подход адмирала. Он вдвое сократил расстояние, с которого должен был наноситься удар, что позволило самолетам садиться на авианосцы и готовиться к новой атаке.
Долго определялась дата нанесения удара. Начальник главного морского штаба Императорского военно-морского флота адмирал Нагано Осами пришел к выводу, что самое благоприятное время — приблизительно двадцатый день лунного цикла, когда Луна ярко светит с полуночи до восхода солнца. К тому же было желательно, чтобы удар наносился в воскресенье — день отдыха. Самой подходящей датой с учетом этих требований оказалось 8 декабря 1941 года (7 декабря по гавайскому времени).
Закипела огромная по масштабам подготовительная работа. Ее возглавил контр-адмирал Ямагути Тамон, закадычный друг Ямамото. Гэнда бился над созданием особых торпед, поражающих цели на мелководье, спешно разрабатывались бронебойные бомбы, способные пробить броню американских кораблей. Но самым важным было подготовить к выполнению операции большое количество летчиков палубной авиации.
Старшим авиационным командиром 1-го воздушного флота назначили боевого летчика капитана II ранга Футида Мицуо. Лучший летчик-торпедоносец Императорского флота капитан III ранга Мурата Сигехару и лучший пилот пикирующих бомбардировщиков Японии Эгуса Такасигэ возглавили подготовку летчиков, отрабатывая действия в предстоящем сражении. Выяснилось, что атака торпедоносцев может оказаться совершенно бесполезной, если американские корабли обезопасят себя противоторпедными сетями. Проблему решить было невозможно, и тогда Футида и Мурата выдвинули предложение группе летчиков совершить самоубийственные атаки с тем, чтобы уничтожить сети. С выполнением этой задачи остальные пилоты самолетов-торпедоносцев получали возможность беспрепятственно сбрасывать торпеды и поражать корабли.
