Первой попыткой создать единый орган по расследованию государственных преступлений можно считать указ царя Алексея Михайловича от 23 мая 1675 г. о формировании группы дьяков из разных приказов, в исключительную компетенцию которых входило ведение «тайных дел».
В XVI в., а еще интенсивнее в XVII в., дела по государственным преступлениям рассматривала Боярская дума, иногда в присутствии царя. Так, по ее приговору в 1616 г. был бит кнутом рязанец Бузовлев за ложный донос о «государевом деле».
Неограниченные полномочия царя давали ему право не только контролировать работу по расследованию государственных преступлений, но и лично возбуждать и решать дела любого уровня» Это продолжалось и при царях Федоре Иоанновиче, Борисе Годунове, Михаиле Федоровиче».
Во второй половине XVII в. появилась практика создания временных следственных комиссий, которые действовали быстрее и эффективнее обычных судебно-следственных органов.
Так, в мае 1675 г. было передано от дьяка приказа Тайных дел И. Полянского дело «ведомой ворихи и ворожеи» Феньки. Делу придали особое значение, поскольку были отмечены факты посещения ею двора боярина Ф. Куракина, где Фенька и была арестована. Находясь под следствием, Фенька умерла, и дело было прекращено.
Данному делу было уделено повышенное внимание в связи с тем, что колдовские действия в отношении близких царскому двору людей, и особенно самого царя и его родственников, квалифицировались как тягчайшие государственные преступления, предусмотренные статьями Соборного Уложения. Эти преступления карались смертной казнью.
Во второй половине XVI в., в царствование Ивана Грозного, после довольно длительного переходного периода было окончательно отменено право служилых людей на отъезд в другие государства. Переход, чаще — тайное бегство на сторону противника, теперь рассматривался как измена. Этот период дал ряд классических примеров измены, наиболее известным из которых является побег в Польшу князя Андрея Курбского (см. соотв. ст.).
В XVII в. правительство продолжает предпринимать серьезные меры по борьбе с изменниками-перебежчиками. Например, согласно отписке 1660 г. подьячего Приказа Тайных дел Юрия Никифорова, была установлена слежка за «литвином» Плотаревичем, в 1659 г. вместе с сыном Воинем бежавшим из России в Польшу. Сперва Плотаревич был замечен в Гданьске, а затем в Колывани, где пытался наняться на службу к шведскому королю. Плотаревича планировалось выкрасть и привезти для допросов в Юрьев Ливонский.
