Немецкий военно-морской атташе в Японии контр-адмирал Пауль Веннекер организовал обмен бензина с танкера на равное количество нефти и гидросамолет. Кроме этого японцам были переданы копии секретных документов с «Аутомедона», в том числе план обороны Сингапура. Информация оказалась настолько ценной, что впоследствии Бернхарду Рогге по рескрипту японского императора Хирохито был дарован самурайский меч. Кроме командира «Атлантиса» такой чести из немецких военных удостоились еще только двое — рейхсмаршал Герман Геринг и фельдмаршал Эрвин Роммель.
Разобравшись с призами, Рогге решил дать отдых команде, пополнить запасы свежей пресной воды и провести ремонт «Атлантиса». Для этих целей он выбрал пустынные острова Кергелен, принадлежавшие Франции. Рейдер двигался в юго-западном направлении до 1 декабря, пока радисты не перехватили сообщение с другого вспомогательного крейсера — «Пингвин» — о том, что тот направляет в Европу призовой танкер «Шторштадт» с дизельным топливом и пленными. Рогге немедленно связался с Берлином и попросил организовать встречу. Рандеву было назначено в точке «Тульпе» (34°47′ ю.ш./59°55′ в.д.), расположенной в 900 милях к юго-востоку от Мадагаскара. Рейдеры встретились 8 декабря. Командир «Пингвина» капитан-цур-зее Эрнст-Феликс Крюдер стал первым немцем не из команды «Атлантиса», ступившим на его палубу впервые за более чем триста дней плавания. Вечером пришел и «Шторштадт». Тут же началась перекачка 1670 т топлива, закончившаяся с наступлением новых суток. В обратную сторону передали продовольствие и свежую воду. Тем временем экипажи обменивались визитами. На следующий день радисты получили поздравительную телеграмму, подписанную гросс-адмиралом Редером. В ней говорилось, что 7 декабря капитан-цур-зее Бернхард Рогге был награжден Рыцарским крестом. Вечером «Пингвин» продолжил плавание. На следующие сутки «Атлантис» расстался и с танкером, на который к этому времени перевели 124 пленных. Еще два моряка с рейдера пополнили призовую команду «Шторштадта». 11 декабря РВМ передало очередной приказ о награждении моряков Железными крестами. Торжественную церемонию провели в тот же день.
14 декабря на горизонте показались туманные вершины гор Кергелена. Вначале на берег отправилась десантная партия из девяти человек под командованием лейтенанта Мора. Они обследовали поселок французских китобоев в бухте Порт-Кувре залива Газелле и нашли его пустынным и заброшенным еще с 1936 года. Местом для стоянки Рогге выбрал небольшую бухточку, являвшуюся ответвлением залива. Однако когда корабль входил в узкий проход, то напоролся носовой часть на одинокую скалу, торчавшую из грунта словно игла. Пробоина пришлась как раз в то место, где находился один из резервуаров с пресной водой. Спустившийся под воду водолаз доложил о том, что повреждения, по его мнению, очень серьезные, если даже не безнадежные. После этого Рогге и старший механик обер-лейтенант-цур-зее Вильгельм Кильхорн сами отправились под воду. Их оценка оказалась не столь пессимистичной. Командир приказал как можно больше разгрузить носовую часть. Авральные работы продолжались более двух суток, в результате чего рейдер осел на корму на 8,5 градусов. Утром 16-го было предпринято три попытки сойти с камня, дав полный ход, но они оказались тщетными. Однако судьба явно благоволила Рогге и «Атлантису» — внезапно пришедшая с океана большая пологая волна одним движением освободила корабль.
