Для 150-мм орудий весом более пяти тонн требовались усиление палубы в местах их установки. Именно поэтому предпочтение отдавалось новым судам, в проектах которых это условие заложили уже заранее («Атлантис», «Пингвин», «Тор»). Необходимо было также обеспечить бесперебойную подачу боеприпасов из артиллерийских погребов, расположенных ниже уровня ватерлинии к артиллерийским установкам.
Орудия, торпедные аппараты и легкое вооружение скрывались полностью либо маскировались под настройки или палубный груз. Для этого использовались фиктивные переборки, откидные щиты, фальшивые палубы и т. п. Так, на «Атлантисе» четыре бортовых орудия сбоку прикрывались щитами, которые откидывались вверх с помощью противовесов, наподобие крышки хлебницы. Пятое и шестое орудия превратились в большой палубный контейнер с промышленным грузом и кран. На «Виддере» и «Торе» некоторые палубные орудия выглядели со стороны как огромные деревянные катушки с кабелем. Самолеты и быстроходные катера прятались в трюмах. Не было никакого предела изобретательности немецких инженеров и военных, но весь камуфляж исчезал со скоростью молнии в момент необходимости — так, на «Атлантисе» это занимало две секунды.
В то же время рейдеру необходимо было походить на конкретное судно какой-либо компании, что было не так уж просто — транспорты постройки отечественных верфей имели специфический «немецкий» облик. Командир «Атлантиса» Бернгард Рогге в своих мемуарах с символичным названием «Под десятью флагами» писал, что в качестве образцов для маскировки, после изучения справочника Ллойда, были выбраны 26 судов возрастом не более десяти лет, водоизмещением от 5 до 10 тысяч тонн, с крейсерской кормой и хоть немного походивших на рейдер. Для того чтобы превратиться в одно из них, на борту имелось множество различных приспособлений. Силуэт изменялся при помощи деревянных щитов, полотнищ парусины. Мачты и грузовые стрелы были телескопическими — поднимались и опускались, а также устанавливались в различных положениях. Дымовая труба удлинялась, а при необходимости добавлялась фальшивая вторая. Раструбы вентиляторов могли перемещаться, настоящие дополнялись фальшивыми. Имелось по два набора навигационных огней, с помощью которых создавалась иллюзия движения в противоположном направлении. Чтобы не рейдер не выглядел идущим пустым, вызывая этим лишние подозрения, в трюмы в качестве дополнительного балласта засыпался песок. Для перекраски корпуса и надстроек в трюмах хранилось большее количество краски и малярных принадлежностей. Таким образом, война на море велась не только снарядами и торпедами, но и сварочными аппаратами, пилами, гвоздями и кистями.
