В мае 1918 г. при Отделе по борьбе с контрреволюцией ВЧК было образовано отделение по борьбе со шпионажем во главе с левым эсером Яковом Григорьевичем Блюмкиным, расформированное незадолго до левоэсеровского мятежа 6 июля 1918 года.
Параллельно с чекистскими органами контрразведки с мая 1918 г. действовал Военный контроль при оперативном отделе народного комиссариата по военным и морским делам, в котором работало много бывших офицеров (начальником был эстонский большевик Макс Густавович Тракман). В сентябре 1918 г. при организации Реввоенсовета РСФСР и перестройке системы военного ведомства органы контрразведки, подчиненные Всероссийскому главному штабу и Высшему военному совету, перешли в ведение Военконтроля.
Чекисты довольно враждебно относились к военной контрразведке ввиду многочисленных случаев перехода к белогвардейцам сотрудников Военконтроля — бывших офицеров. В октябре 1918 г. в Петрограде чекистами была практически разгромлена военно-морская контрразведка, руководители которой — начальник Центральной морской регистрационной службы бывший подполковник А.И. Левицкий, его помощник старший лейтенант A.M. Сыробоярский, начальник Военно-морского контроля А.К. Абрамович были связаны с тайной организацией офицеров флотской разведки и контрразведки «ОК» (по фамилии ее руководителя лейтенанта Р. А. Окерлунда).
С 6 мая 1918 г. Окерлунд работал в контакте с британским военно-морским атташе в Петрограде капитаном (это звание соответствовало званию капитана 1 ранга в российском Военно-морском флоте) Ф. Кроми. По мнению следователя, прикомандированного к ВЧК члена ВЦИК эстонского коммуниста Виктора Эдуардовича Кингисеппа, «Регистрационная служба в совокупности с Морским контролем Генмора является филиальным отделением Английского Морского Генштаба». В докладе В. И. Ленину, Я. М. Свердлову, Л. Д. Троцкому и заместителю председателя ВЧК Я. X. Петерсу Кингисепп утверждал, что «Морская контрразведка за весь 1918 год не произвела ни одного ареста ни одного шпиона, не дала никаких сведений о противнике…» По его предложению, морская контрразведка была передана в ведение образованного в январе 1919 г. Особого отдела ВЧК. По приговору Верховного ревтрибунала в апреле 1919 г. Окерлунд и Абрамович были расстреляны за шпионаж в пользу англичан; Левицкий и Сыробоярский были заключены в концентрационный лагерь до окончания Гражданской войны.
В годы Гражданской войны функции органа контрразведки выполнял с января 1919 г. Особый отдел ВЧК, возникший после долгих ведомственных споров между ВЧК и Реввоенсоветом Республики путем слияния органов Военного контроля и армейских ЧК. Особый отдел, обладая огромными полномочиями (его первым председателем был член коллегии ВЧК Михаил Сергеевич Кедров, а с августа 1919 г. — председатель ВЧК Феликс Эдмундович Дзержинский, по совместительству), занимался всеми видами разведки и контрразведки, борьбой с контрреволюцией. Особый отдел стал основой созданного приказом ВЧК от 14 января 1921 г. Секретно-оперативного управления ВЧК, в состав которого вошли также Оперативный и Секретный отделы. Новое Управление возглавил по совместительству начальник Особого отдела (с июля 1920 г.) Вячеслав Рудольфович Менжинский.
