Этим структурам подчинялись Особые отделения штабов флотов, созданные во время войны. Первое из них появилось на Черноморском флоте в ноябре 1915 г., т. е. вскоре после вступления России в войну с Турцией. Позднее такие же органы были учреждены в штабах Балтийского флота, флотилии Северного Ледовитого океана, в Петрограде (Петроградское морское контрразведывательное отделение, подчиненное непосредственно центральным органам морской контрразведки), в морских крепостях (например, в Выборге и Свеаборге), укрепленных позициях (в частности, в Моонзундской) и контрразведывательные пункты, такие, как Особый Мурманский, образованный в январе 1917 г. (г. Романов-на-Мурмане был основан в 1916 г.).
Основную часть кадров контрразведывательных органов армии и флота составляли офицеры Отдельного корпуса жандармов. В самый канун войны, в июле 1914 г., в штабы армий на контрразведывательную работу был направлен 21 офицер ОКЖ; в первый год войны, до сентября 1915 г., в армейские штабы было откомандировано 19, а в штабы военных округов — 9 жандармских офицеров. Среди руководителей вышеназванных структур можно назвать начальника Центрального военно-регистрационного бюро Отдела генерал-квартирмейстера Главного управления Генштаба полковника князя В.Г. Туркестанова, начальника КРО штаба Петроградского военного округа полковника В.М. Якубова, начальника КРО штаба Западного фронта подполковника В.И. Сизых, начальника Петроградского морского КРО полковника И.С. Николаева, начальника КРО штаба Черноморского флота ротмистра А.П. Автономова, начальника Особого отделения штаба Балтфлота подполковника А.Н. Нордмана, начальника КРО штаба флотилии Северного Ледовитого океана подполковника П.В. Юдичева (в начале войны занимавшегося делами по шпионажу в Петроградском охранном отделении), начальника КРО штаба крепости и одновременно жандармской команды в Свеаборге подполковника Ф.Ф. Крушинского. В основном эти офицеры оставались в кадрах ОКЖ, хотя были случаи их перехода в военные структуры.
Контрразведывательными вопросами ведал также Департамент полиции, в частности, его Особый отдел, который во время войны возглавляли действительный статский советник М.Е. Броецкий и (с января 1917 г.) полковник И.П. Васильев, и с января 1916 г. — 9-е делопроизводство ДП (начальник — Н.В. Волчанинов), которое, кроме того, надзирало за военнопленными. Также существовала комиссия при штабе Северного фронта во главе с начальником его разведывательного отделения генерал-майором Генштаба Николаем Степановичем Батюшиным, которая в основном занималась борьбой с экономическими преступлениями в тылу, затрагивавшими интересы военного ведомства (дело банкира Д. Рубинштейна, сахарозаводчиков Бабушкина, Доброго и др.).
