Результатом последовавших за этим мероприятий стал разрыв группы Тютюнника с Петлюрой. Тютюнника увлекла перспектива «всеобщего восстания» (при помощи «ВВС»), возглавить которое он намеревался. Заключительный этап операции разрабатывался начальником Секретно-оперативного управления ГПУ Менжинским, Артузовым, руководителями ГПУ Украины Василием Манцевым, Всеволодом Балицким и Ефимом Евдокимовым в контакте с ЦК КП(б) и Совнаркомом Украины.
17 июня 1923 г. Тютюнник и его помощники были выведены на территорию Украины и арестованы. После ареста бывший петлюровский генерал (амнистированный и получивший работу в кинематографии, где он играл самого себя в художественных фильмах) использовался в мероприятиях по разложению эмигрантских националистических кругов и компрометации Петлюры.
На последнем этапе «Дела № 39» было сорвано наметившееся объединение ультраправой националистической группировки «Украинская военная организация» (УВО) Евгена Коновальца (будущего агента спецслужб нацистской Германии, ликвидированного в 1938 г. в Амстердаме Павлом Судоплатовым, знаменитым советским разведчиком) с группой Тютюнника.
Судьбы героев «Дела № 39» сложились трагически. В 1929 г. был арестован и в следующем году расстрелян бывший атаман Тютюнник, вновь занявшийся антибольшевистской деятельностью. В 1939 г. также погибли бывшие петлюровцы, ставшие чекистами, Георгий Заярный и Петр Погиба. Были расстреляны и чекисты — руководители операции (Манцев, Балицкий, Евдокимов и Николай Николаев-Журид, прошедший от 1923 до 1938 г. карьерный путь от начальника контрразведывательного отдела полпредства ГПУ на правобережной Украине до руководителя всей контрразведки НКВД СССР и приложивший в этом качестве руку к гибели многих своих соратников по службе).
В тот же период началась продлившаяся гораздо дольше и более известная (благодаря книге Льва Никулина «Мертвая зыбь» и многосерийному художественному фильму Сергея Колосова) операция «Трест», первоначально именовавшаяся «Ярославцы». В результате этой оперативной игры чекистам удалось поставить под контроль антисоветское монархическое подполье, проникнуть в белогвардейские центры за рубежом и сдерживать их террористическую активность, обеспечить поставку дезинформации иностранным разведкам.
Каноническая версия начала операции звучит следующим образом. Осенью 1921 г. в руках чекистов оказалась копия письма белоэмигранта, бывшего корнета лейб-гвардии Конного полка Юрия Артамонова (переводчика английского паспортного бюро в Ревеле) князю Ширинскому-Шихматову, члену Высшего монархического совета в Берлине. В письме сообщалось о встрече Артамонова (выпускника Александровского лицея) с Александром Александровичем Якушевым, бывшим воспитателем Лицея, до революции — действительным статским советником и директором департамента Министерства путей сообщения.
