Однако оставшиеся в живых подозревали правду и решили выступить против эсэсовских палачей в открытом бою. Руководство движения Сопротивления, осведомленное об этом намерении, доставило им взрывчатку и большое количество ручных гранат. Оно позаботилось даже о нескольких хороших ножницах с изоляцией для резки забора из колючей проволоки, через который был пропущен электрический ток. Однако группа должна была ждать, пока во всем лагере не закончатся приготовления, и должна была воздерживаться от развязывания неравной борьбы. В борьбу можно было вступить только в том случае, если зондеркомандо угрожает непосредственная опасность близкого уничтожения. Однако этот случай последовал раньше, чем кто-либо ожидал.
7 октября, в субботу утром, разведывательная ячейка организации сопротивления из подслушанного телефонного разговора узнала о том, что ту последнюю, оставшуюся в живых часть зондеркомандо, которая пережила казни 29 сентября 1944 г., хотят уничтожить в ближайшие дни. Об этом был немедленно извещен каждый член группы. Руководство тотчас созвало у печей совещание. Во время секретного совещания в помещение неожиданно вошел новый «капо» зондеркомандо, немецкий рецидивист, который был назначен СС на место убитого Каминского. Из его слов сразу стало ясно, что он подслушал часть разговора. «Капо» начал угрожать, что донесет обо всем командованию СС.
Теперь уже нельзя было колебаться ни единой минуты. Узники не могли дать «капо» время для доноса, поэтому они набросили одеяло ему на голову и впихнули его в раскаленную печь крематория. Затем они подняли по тревоге всю зондеркомандо, выкопали спрятанное оружие и обезоружили находившихся поблизости охранников СС.
В это время одна из групп пленных подожгла 4-й крематорий и заняла оборонительные позиции в Бжезинке, в лесу за крематорием. Другие приставленные к крематорию узники также были призваны к действиям. Заключенные разделились на две группы. Одна из них взяла под обстрел будки с часовыми, члены другой по очереди резали забор из колючей проволоки, через которую был пропущен электрический ток Через проделанные таким образом проходы многие узники бежали из лагеря.
Стрельба, взрывы и тревожный рев сирены подняли на ноги 3 тыс. человек хорошо вооруженной охраны СС лагеря. Под командованием своих офицеров на мотоциклах и автомобилях они поспешили на место мятежа. Подразделения СС, развернувшись в цепь отделений, окружили всю территорию крематориев и открыли сосредоточенный огонь по небольшому лесу за 4-м крематорием, по Бжезинке, где оборонялась основная группа узников. Крематорий был весь в огне, но подразделения СС заботились сейчас только о том, чтобы задушить восстание. На всем протяжении караульных будок, окружающих лагерь, винтовочный, автоматный и пулеметный огонь эсэсовцев был настолько сильным, что почти полностью, исключал возможность побега с территории крематориев и лагеря. Только одной группе восставших удалось после расстрела шести палачей СС бежать по направлению реки Вистулы. Преследующие подразделения СС настигли эту группу лишь примерно в 10 километрах от Биркенау, в районе Райско. Бежавшие узники укрепились в сарае и вновь выступили против эсэсовцев. Последние в конце концов подожгли огнеметами сарай и автоматными очередями изрешетили выбегающих из него узников.
