Многие нищие, что жили рядом, говорили, что он всегда обращался к ним мягко; и они не слышали от него ни единого слова не упрека. Гьялсе Тхогме сам иногда говорил, что не может сказать грубого слова никому. Так как он всегда подбирал слова в соответствие с природой слушателей, то со временем все его слова стали духовными наставлениями.
Когда в Сакья начались столкновения, Джамьянг Доньё Гьялцен и его брат были вынуждены бежать на восток Центрального Тибета.
Лама Риньева доверительно обратился к Гьялсе Тогме: «Когда все эти раздражающие события происходили, я все пытался контролировать свой ум применением надлежащих противоядий. Но сколь же много у меня мыслей привязанности и гнева..! А как с тобой?» «Все удовольствия и страдания этого мира – просто проекции наших умов и результат нашей прошлой кармы». - ответил Тогме. «И с тех пор как я обрёл некоторое понимание того, что в относительном смысле всё – подобно иллюзии, а в абсолютном – полностью за пределами умопостроений, я больше не испытывал привязанности и ненависти».
Гьялсе Тхогме удалился в затвор в Нгулчу в возрасте сорока двух. Он оставался в нём до шестидесяти пяти, посвящая себя углублённой духовной практике и проявляя телом равно как речью и умом знаки совершенства. До конца своей жизни он редко ложился, а вместо этого сидел в ваджрной позе день и ночь. При этом его здоровье не страдало и его лицо всегда выглядело юным и сияющим.
Его внутреннее постижение проявлялось во многих чудесах и проявлениях сверхспособностей. Однажды, когда он с немногочисленными спутниками был на пути к Владыке Сонаму Тракпа, они подошли к сухому, пустынному месту, Шангда.
«Давайте перекусим здесь». – предложил он.
Его спутники возразили: «Здесь же нет воды».
Но Тхогме ответил: «Идите и собирите немного хвороста. А я позабочусь о воде».
Когда они вернулись, то обнаружили, что Тхогме сделал углубление в песке. И оно было полно воды. После еды вода еще была там, но уже через небольшое время – не осталось и следа..
В другой раз, когда он давал посвящение Амитаюса, Будды Долголетия, его лицо для некоторых представилось ослепительно белым как снежная вершина. В течение призывания благословения его лицо стало оранжево-красным, а во время изгнания препятствий – темно-красным и гневным, а волосы стали дыбом.
В другой раз его особенно преданные ученики увидели его как Одиннадцатиликого Авлокитешвару, Будду Сострадания.
Однажды, когда армия Центрального Тибета подходила к Нгулчу, Гьялсе Тхогме сказал всем жителям, что надо бежать. Но они не хотели слушать. Так как в последний раз победили северяне и ничего не плохого не произошло, то и в этот раз беспокоиться нечего.
