1 марта в городе был объявлен комендантский час и следственная бригада Генеральной прокуратуры СССР начала работу по расследованию событий. Группу возглавляли заместитель начальника Главного следственного управления Ненашев и следователь по особо важным делам Галкин. Кроме того, в Сумгайыте работали следственные бригады КГБ, Военной прокуратуры СССР. Около трех тысяч жителей города, виновных или нет, были арестованы и брошены в тюрьмы. Некоторые из них были привлечены к административной ответственности, часть откупилась взятками, а в отношении 94 граждан были возбуждены уголовные дела.
Вышеназванные следственные бригады не утруждали себя изучением причин событий и ситуации, вызвавшей преступления, выявлением их организаторов, а стремились скрыть истинный смысл свершившегося, не брезгуя при этом различными методами давления. На основе показаний вымышленных свидетелей они состряпали обвинительные заключения и передали их на рассмотрение судов разных городов СССР. Особая «заслуга» в этом принадлежит сотрудникам отечественных правоохранительных органов, содействовавшим необъективному расследованию сумгайытских событий.
Послушными оказались и суды, пренебрегшие верховенством закона и вынесшие несправедливые решения. С 18 октября по 18 ноября 1988 года Верховный суд тогдашнего СССР рассмотрел уголовные дела в отношении А. Ахмедова, Ю. Джафарова, И. Исмайлова, однако, невзирая на недоказанность обвинений, вернул последние два материала на повторное расследование, а А. Ахмедова приговорил к высшей мере наказания – расстрелу, каковой и был приведен в исполнение спустя 17 месяцев.
Кроме того, при загадочных обстоятельствах в Баиловской тюрьме скончался инвалид II группы Эльчин Гянджалиев, семья которого в дни событий в течение трех суток укрывала у себя дома армянскую семью. Приговоренный к 15 годам лишения свободы спортсмен Талех Исмайлов для отбытия наказания был переправлен в Тбилиси. Через год родителям был передан труп Т. Исмайлова. Остальные осужденные были лишены свободы на срок от 2 до 15 лет. А почувствовавший на себе «силу» Красной армии малолетний Азер Бабаев вот уже 18 лет не может передвигаться.
На следующий день после событий мировые телекомпании продемонстрировали сюжеты сумгайытских беспорядков, потрясшие международную общественность. В журнале «Дружба народов» Магсуд Ибрагимбеков писал: «За день до сумгайытских событий в город прибыла съемочная группа. Несколько позже этот фильм показали в Швейцарии. Фильм сопровождают душераздирающие крики. К примеру, один из героев фильма описывает сцену убийства своего друга Миши и его жены». Этот армянин рассказывал, что якобы после того, как сумгайытцы отрезали голову супруги друга, 30 азербайджанцев набросились на их дочь, изнасиловали ее, затем расчленили на куски и приготовили шашлык (некоторые съемки были произведены сотрудниками 7-го управления КГБ и переданы армянам).
