Сведения о Пифагоре до его отъезда в Великую Грецию чрезвычайно малочисленны. Ранние источники называют его родиной Самос, с чем солидарна и большая часть поздних авторов. Отцом Пифагора обычно называют Мнесарха. О профессии Мнесарха высказывались различные мнения одни считали его богатым купцом, другие — золотых дел мастером, резчиком гемм. Упоминание о такой редкой профессии не очень похоже на чье-то изобретение, но первый вариант все же предпочтительнее. Самосский аристократ вполне мог заниматься торговлей хлебом (но никак не ремеслом), а образование и характер политической деятельности Пифагора явственно указывают на знатность и богатство его происхождения.
Существует несколько легенд, связанных с рождением философа По одной их них, в Дельфах, куда приехали Мнесарх с женой Парфенисой, — то ли по делам, то ли в свадебное путешествие — оракул предрек им рождение сына, который прославится в веках своей мудростью, делами и красотой. Бог Аполлон, устами оракула, посоветовал им плыть в Сирию. Пророчество чудесным образом сбылось — в Сидоне Парфениса родила мальчика. По древней традиции Парфениса приняла имя Пифиада, в честь Аполлона Пифийского, а сына нарекла Пифагором, то есть предсказанным Пифией (По другой версии, Пифагор (то есть «убеждающий речью») — это прозвище, которое дали ему потому, что он высказывал истину так же постоянно, как Дельфийский оракул). Датой рождения Пифагора принято считать приблизительно 570 год до н. э.
Вернувшись из путешествия, счастливый отец воздвиг алтарь Аполлону и окружил юного Пифагора заботами, которые могли бы способствовать исполнению божественного пророчества. Будущий великий философ и математик уже в детстве обнаружил большие способности к наукам. У своего первого учителя Гермодамаса Пифагор постиг основы музыки и живописи. Для упражнения памяти Гермодамас заставлял его учить песни из «Одиссеи» и «Илиады» Гомера. Первый учитель прививал своему юному воспитаннику любовь к природе и ее тайнам. «Есть еще другая Школа, — говорил Гермодамас, — твои чувствования происходят от природы, да будет она первым и главным предметом твоего учения».
Согласно преданию, при помощи учителя Пифагор с острова Самос перебрался на Лесбос, где жил у своего родственника Зоила. Там Пифагор познакомился с поэтом и философом Ферекидом Сиросским — другом Фалеса Милетского. У Ферекида Пифагор учился астрологии, предсказанию затмений, тайнам чисел, медицине и другим обязательным для того времени наукам. Прожив на Лесбосе несколько лет, Пифагор отправился в Милет — к знаменитому Фалесу. Пифагор слушал лекции милетского мудреца, которому было далеко за семьдесят, и его более молодого коллегу Анаксимандра. Впрочем, большинство историков сомневается, что Пифагор обучался у Ферекида и Фалеса. Например, Ион, впервые упомянувший Ферекида рядом с Пифагором, еще ничего не говорит об их личных контактах. Но уже в следующем веке историк Андрон из Эфеса, автор книги о семи мудрецах, называет Ферекида учителем Пифагора. Таким образом, ничего определенного об учителях Пифагора сказать нельзя. Несмотря на его несомненную близость к ионийской традиции и знакомство с идеями милетских философов, никто из них, вероятно, не был его прямым наставником.
