При создании прокуратуры органы фискалата были подчинены надзору генерал-прокурора. Однако после назначения генерал-фискала последовал указ о том, чтобы все фискальские доношения направлялись последнему. До конца царствования Петра I оба института существовали параллельно, причем в ряде случаев деятельность органов прокуратуры основывалась на фискальных материалах.
В 1729 г. фискалат в целом был упразднен Верховным тайным советом путем увольнения наличных фискалов без назначения новых. Остались только фискалы «для купецких дел», а также военный фискалат.
В январе (12) 1722 г. Указом Петра I при Сенате назначается генерал-прокурор, о котором сказано: «Сей чин – яко око наше и стряпчий в делах государственных». Первым российским генерал-прокурором становится ближайший сподвижник Петра I П.И. Ягужинский. В апреле (27) 1722 г. издается более конкретный Указ «О должности Генерал-прокурора».
На генерал-прокурора были возложены следующие полномочия:
1) проверка исполнения наказаний и приказов царя;
2) реагирование на все случаи неисполнения предписаний Петра I;
3) право по собственной инициативе вносить на рассмотрение Сената соответствующий закон в случае отсутствия «ясных указов» по тем или иным важным вопросам управления государством; 4) осуществление функции организации и ведения делопроизводства в Сенате. Сенатская канцелярия находилась под его непосредственным подчинением; 5) контроль за деятельностью фискалата.
В 1722 г. кроме генерал-прокурора были введены должности обер-прокуроров для нахождения при нем и прокуроров, состоявших при всех коллегиях. Тогда же были назначены прокуроры при надворных судах, а затем и при губернских учреждениях.
Назначенные прокуроры были обязаны следить за исполнением законов со стороны присутственных мест; в случае необходимости напоминать судьям об их обязанностях и останавливать их незаконные и несправедливые распоряжения или действия. Чтобы осуществить эту функцию, прокуроры должны были присутствовать на заседаниях этих учреждений.
Непосредственное участие в уголовном преследовании прокуроры не принимали. Прокуратура лишь наблюдала за этим видом государственной деятельности так же, как и за всеми остальными ее видами.
Какой-либо подчиненной зависимости между прокурорами не существовало. Все они прямо и непосредственно подчинялись генерал-прокурору. Они являлись «оком генерал-прокурора» на местах, от него получали указания.
Наделяя прокуроров обязанностями, Петр I предусмотрел и некоторые гарантии их независимости. Так в одном из указов царя было установлено, что «генерал и обер-прокуроры ничьему суду не подлежат, кроме нашего». Вместе с тем Сенат наделялся правом ареста прокуроров, если Петр I будет находиться в отъезде. Опасаясь, что генерал-прокурор ввиду такой угрозы будет воздерживаться в некоторых случаях от сообщений о злоупотреблениях, устанавливалась безнаказанность всего того, что будет сделано прокурором не умышленно, а по ошибке. За различного рода злоупотребления и взятки прокуроры подлежали строжайшему наказанию вплоть до смертной казни.
