Церковь имеет две части, одна над другой, причем эти части не сообщаются друг с другом. Верхняя часть, предназначенная для служб, представляет собой современное культовое сооружение, внутренние стены которого выложены дорогим мрамором и расписаны фресками. Ниже уровня земли находится древняя часть храма. Против входа - алтарь, а слева от него проход в пещеру библейских времен, которая, согласно преданиям, служила жилищем Захарии. В пещере есть мраморная ваза, содержащая воду чудесного подземного источника, забившего, согласно преданиям, в момент свидания Марии с Елисаветой. В левой стене - ниша, в которой лежит известковая плита с углублением в ней, напоминающим форму детского тельца. Плита принесена из пустыни, в которой укрывалась Елисавета с сыном во время легендарного избиения младенцев.
Недалеко от церкви Посещения находится католический монастырь сестер Розарии, основанный в 1910 г. В настоящее время помещения монастыря используются для сиротского приюта.
В центре Эйн Керем находится большой монастырь св. Иоанна, принадлежащий францисканцам. Он построен в 1885 г. и стоит над развалинами византийской церкви V века. Интерьер храма украшен большими картинами, копиями с произведений крупных испанских художников. Стены храма до половины высоты выложены толедской керамикой.
Правый придел храма посвящен св. Елисавете, левый углублен в небольшую пещеру, потолком которой является натуральная скала. Под престолом, находящимся у стены пещеры, виден выложенный мрамором круг с латинской надписью на серебре: "Здесь Предтеча Господень родился".
Несколько ниже церкви Посещения, на склоне горы, раскинулась территория русского православного женского монастыря, основанного в восьмидесятые годы XIX столетия. Монастырь находится в ведении Московской патриархии. От обычных монастырей он отличается отсутствием корпусов с монашескими кельями. Вместо них в саду разбросаны маленькие домики, в которых и живут монахини. Монастырь имеет небольшую церковь с высокой колокольней - церковь "Иконы Казанской Богоматери". Икона находится у входа в церковь. Ближе к вершине горы стоит остов большого здания новой русской церкви. Ее строительство было начато до революции, но так и не было завершено.
В западной части Эйн Керем находится монастырь "Сестер Сиона", основанный в 1860 г. Альфонсом Ратисбоном. Его могила находится в монастырском саду.
На территории Эйн Керем находится еще небольшая греческая церковь Иоанна Крестителя. Церковь была капитально перестроена в 1975 г.
