В последующие годы в рамках науки исправительно-трудового права исследовались проблемы генезиса, сущности, содержания и перспектив правового регулирования общественных отношений, возникающих в сфере исполнения уголовных наказаний, обобщалась правоприменительная практика, разрабатывались предложения по совершенствованию действующего исправительно-трудового законодательства. Фундаментальные положения науки исправительно-трудового права составили теоретическую основу для формирования смежных отраслей научных знаний: исправительно-трудовой психологии и педагогики, управления органами, исполняющими наказания, и др.
Значительные изменения претерпела наука исправительно-трудового (уголовно-исполнительного) права в первой половине 1990-х гг. Основными направлениями деятельности ученых в этой области стали научное обеспечение правовой реформы в сфере исполнения уголовных наказаний, связанной с созданием уголовно-исполнительного законодательства и соответствующей отрасли права, а также разработка научно-методических рекомендаций по обеспечению стабильности и эффективности функционирования уголовно-исполнительной системы в условиях масштабного кризиса.
Современный этап развития науки уголовно-исполнительного права обусловлен потребностями научно-методического сопровождения процессов совершенствования уголовно-исполнительного законодательства и реформирования уголовно-исполнительной системы. Ведущее место в исследовании проблем исполнения уголовных наказаний отводится Научно-исследовательскому институту ФСИН России (г. Москва) и Академии права и управления ФСИН России (г. Рязань).
Сегодня наука уголовно-исполнительного права решает сложные задачи, среди которых дальнейшая гуманизация уголовно-исполнительной политики, законодательства, системы исполнения уголовных наказаний; совершенствование правового регулирования исполнения уголовных наказаний, не связанных с изоляцией осужденного от общества; обеспечение прав, свобод и законных интересов осужденных, в том числе и посредством развития государственного и общественного контроля за деятельностью учреждений и органов, исполняющих уголовные наказания; комплексное решение вопросов социальной адаптации лиц, отбывших уголовные наказания; повышение эффективности постпенитенциарного контроля. Помимо разработки теоретических проблем на науку уголовно-исполнительного права возлагается решение и ряда прикладных задач, в частности, по формированию и обоснованию основных направлений развития уголовно-исполнительной системы, научно-методическому и правовому обеспечению исполнения уголовных наказаний, реализации международных стандартов обращения с правонарушителями и др.
