Для федерального бюджета России в условиях рыночных отношений эти фонды стали характерными, начиная с 1993 г. В рамках федерального бюджета 1993 г. были образованы такие целевые бюджетные фонды, как Фонд социальной поддержки северян; Фонд поддержки предпринимательства и др. Кроме того, были образованы резервные фонды и фонды финансовой поддержки и др. Указанные фонды, хотя и не имеют отраслевого характера, но условно также относятся (так как созданы в рамках бюджета) к бюджетным целевым фондам. Эти фонды предназначены для финансирования непредвиденных расходов в финансовом году.
Особенностями бюджетных целевых фондов, сформированных в период с 1995 по 2000 г., явилось то, что большинство этих фондов ранее имели статус внебюджетных. Процесс консолидации (включения) внебюджетных фондов в бюджет был обусловлен задачами устранения распыленности государственных и муниципальных средств по многочисленным внебюджетным фондам в условиях хронического бюджетного дефицита, усиления контроля за расходованием государственных (муниципальных) средств и включением их в состав бюджетных доходов и расходов, используемых на общегосударственные нужды.
Стабилизационный фонд впервые образован в 2004 г., представляет собой часть средств федерального бюджета, образующихся за счет превышения цены на нефть над базовой и подлежащих обособленному учету, управлению и использованию в целях обеспечения сбалансированности федерального бюджета при снижении цены на нефть ниже базовой. Как и резервные фонды, этот фонд условно можно отнести к бюджетным целевым фондам.
В соответствии с изменениями, внесенными в БК РФ в 2005 г., впервые создаются следующие постоянные бюджетные фонды: федеральный фонд компенсаций – для предоставления субвенций на исполнение расходных обязательств субъектов РФ и (или) муниципальных образований в случаях, когда их финансовое обеспечение осуществляется в соответствии с законом за счет субвенций из федерального бюджета; региональный фонд финансовой поддержки поселений; региональный фонд финансовой поддержки муниципальных районов (городских округов); кроме того, в целях финансового обеспечения исполнения органами местного самоуправления отдельных государственных полномочий создается региональный фонд компенсаций.
