В систему военных судов входят окружные (флотские) военные суды и гарнизонные военные суды. Высшим судебным органом для военных судов является Верховный Суд РФ (ст. 126 Конституции РФ), который реализует свои функции в отношении военных судов через Военную коллегию Верховного Суда РФ.
Военная коллегия, в состав которой входят председатель, его заместитель, председатели судебных составов и другие судьи Верховного Суда РФ, действует в составе Верховного Суда РФ и является непосредственно вышестоящей судебной инстанцией по отношению к нижестоящим судам.
Военная коллегия рассматривает в первой инстанции: дела об оспаривании ненормативных актов, дела о преступлениях, в совершении которых обвиняется судья военного суда, если им заявлено соответствующее ходатайство, а также дела о преступлениях особой сложности или особого общественного значения, которые Военная коллегия вправе принять к своему производству при наличии ходатайства обвиняемого. Уголовные дела рассматривает коллегия, состоящая из 3 судей и присяжных заседателей. Дела по жалобам и протестам рассматривает коллегия, состоящая из трех судей.
Президиум Верховного Суда РФ рассматривает дела по протестам на решения.
Кассационная коллегия Верховного Суда РФ рассматривает дела по жалобам и протестам на решения, приговоры, определения и постановления Военной коллегии, принятые в первой инстанции и не вступившие в силу.
Окружной военный суд образуется в составе председателя, его заместителей, а также других судей и действует на территории одного или нескольких субъектов РФ.
Президиум окружного военного суда, действующий в составе председателя, его заместителей, заместителей председателя, рассматривает гражданские, административные, уголовные дела по протестам гарнизонных военных судов. Координирует работу судебной коллегии. Утверждает председателей судебных коллегий.
Окружной (флотский) военный суд рассматривает в первой инстанции гражданские дела, связанные с государственной тайной, и дела о преступлениях, за совершение которых может быть назначено наказание в виде лишения свободы на срок свыше 15 лет, пожизненного лишения свободы или смертной казни.
Гарнизонный военный суд образуется в составе председателя, его заместителей, других судей и действует на территории, на которой дислоцируются один или несколько военных гарнизонов.
