В Сибирь Вагит Алекперов отправляется согласно партийной разнарядке, где в течение пяти лет он занимал руководящие посты на предприятиях Сургутнефтегаз и Башнефть, а в 1984 году перед ним раскрылись небывалые перспективы. Руководители высшего звена, перед которыми Алекперов всегда умел отличиться, решили, что именно его кандидатура идеально подходит для должности первого Генерального директора объединения Когалымнефтегаз.
С одной стороны пост Генерального директора вновь образованного предприятия огромная ответственность. Перед Алекперовым стояли задачи освоения новых месторождений с нуля, причем в Когалыме на тот момент не было ничего, кроме вагончиков-теплушек, и ответственность за все ложилась лично на гендиректора объединения.
С другой стороны, разработка новых полезных ископаемых сулила огромные деньги, которые государство, не скупясь, выделяло на сибирскую нефтяную промышленность, а власть Алекперова практически ничем не ограничивалась. Директор месторождения был на доверенной ему территории всем: богом, отцом, самодержцем, судьей и т. д.
Став лидером Когалымнефтегаза, Алекперов познакомился и установил прочные связи с другими руководителями нефтяных предприятий. Особенно дружеские отношения у него сложились с Генеральным директором Урайнефтегаза Александром Путиловым и Юрием Шафраником, возглавлявшим Лангепаснефтегаз. Спустя несколько лет именно эти предприятия объединятся и создадут ЛУКОЙЛ.
На своем предприятии в Когалыме Алекперов развил невероятно бурную деятельность. В результате Алекперова заметили в Москве, и в январе 1990 года он получает перевод в столицу на должность заместителя министра нефтяной и газовой промышленности СССР. Так Вагит Алекперов стал самым молодым в СССР государственным чиновником такого ранга, а уже в 1991 году он получил должность первого заместителя министра нефтяной и газовой промышленности СССР.
По поводу назначения Алекперова на столь высокую должность, в Сибири шутили, что этот пост достался Вагиту Юсуфовичу за строительство коммунизма в отдельно взятом городе, а в шутке всегда есть доля истины. Действительно, Когалым был обеспеченнее и комфортнее других нефтяных городков. Алекперов сразу же запретил бараки, даже в первое время, а распорядился сразу же строить капитальное жилье, обеспечил прекрасное снабжение населения продуктами. Кроме того, Алекперов добивался значительных производственных успехов, о которых регулярно докладывал в Москву.
