Когда д'Албукерки явился к вице-королю и в присутствии многочисленной свиты сообщил ему, что по приказу короля Мануэла он готов немедленно принять все тяготы правления на себя, а д'Алмейду ждет попутный ветер, удобная каравелла «Белем» и шесть других кораблей для сопровождения, д'Алмейда ответил, что срок его полномочий истекает лишь в следующем месяце, а пока он — вице-король Индии.
И в подтверждение этого отплыл со всем португальским флотом на север, в Гуджарат. Там в конце декабря он захватил богатый Дабхол, перебил его защитников и разрешил солдатам грабить город. «Добычи было захвачено на 150 тысяч дукатов», — лаконично замечает по этому поводу португальский летописец. Впрочем, вскоре д'Алмейда прекратил грабежи и приказал спалить город дотла. Он боялся, что иначе солдаты не пойдут дальше.
2 февраля 1509 года у острова Диу д'Алмейда встретился с египетско-гуджаратским флотом. В сражении, длившемся целый день, португальцы нанесли страшное поражение противнику, уничтожив около двухсот судов.
8 марта д'Алмейда триумфатором вернулся в Кочин с твердым намерением не выпускать власть из рук после такого успеха.
Пока в Лиссабон шли письма, обвиняющие д'Албукерки в нападении на Ормуз и неповиновении приказам короля, д'Алмейда решил действовать. Ночью Кочин проснулся от отблесков факелов и криков. Вице-королю якобы стало известно, что приверженцы д'Албукерки организовали заговор с целью захвата Кочина. Гашпар Перейру и Рюй д'Аранжо, верные люди д'Албукерки, были арестованы, закованы в кандалы, заключены в тюрьму, а дома их разрушены.
На следующее утро вице-король издал приказ усилить охрану Кочина и запретить ношение оружия всем, кроме свиты и охраны вице-короля и капитанов.
А еще через несколько дней Кочин облетела новая весть: претендент на должность правителя Индии арестован по обвинению в сношениях со злейшим врагом Португалии — правителем Каликута. Д'Албукерки отвезли на судно, стоявшее в порту Кочина, и приставили стражу.
Но д'Алмейда переоценил свои возможности. 29 октября в гавань Кочина вошел флот из 15 кораблей, возглавляемый маршалом Португалии Фернандишем Каутиньо, оказавшимся к тому же племянником д'Албукерки. Маршал привез инструкции короля, адресованные не вице-королю д'Алмейде, а правителю Индии д'Албукер'ки.
Освобожденный д'Албукерки не пожелал видеть бывшего вице-короля, который 19 ноября 1509 года отплыл в Португалию, чтобы погибнуть близ мыса Доброй Надежды в стычке с местными жителями.
