Содержание «тайного Евангелия» вызвало всемирный скандал: описывается воскрешение Иисусом некоего юноши, который возлюбил Иисуса, а потому пришёл к нему ночью голым, — учиться «тайнам Царства Небесного». Этим «тайнам» Иисус охотно научил юношу, тогда как женщин-учениц — учить не стал.
Гомосексуальный подтекст данной истории прозрачен и мог бы иметь серьёзные последствия для христианства и этики, если бы Марк действительно написал данное Евангелие. Исследование же текста неожиданно осложнилось тем, что он при таинственных обстоятельствах исчез: весной 1976 года в лавру св. Саввы наведалась небольшая научная делегация и действительно обнаружила там означенное произведение. Рукопись была перевезена в одну из церковных библиотек Иерусалима: возникла идея тщательно проверить её аутентичность, сделав анализ чернил. Выяснилось, однако, что соответствующее оборудование имеется только в израильской полиции. Клирики заупрямились, книга попала в запасники, а вскоре вообще пропала. (Была ли она тайно изъята монахами? Или была продана подпольным коллекционерам? Или по нелепой случайности её и впрямь потеряли?) Остались лишь цветные фотографии, сделанные в 1976 году той самой делегацией.
В течение длительного времени большинство учёных считали «тайное Евангелие» делом рук одной из гностических сект II века и предполагали, что Климент просто ошибся относительно марковского авторства. Совсем недавно, однако, появились исследования, которые убедительно показывают, что это произведение — современная подделка (скорее всего, осуществлённая самим Мортоном Смитом). Американский библеист и юрист Стивен Карлсон отдал фотографии текста на графологическую экспертизу, и та выявила «тремор фальсификатора»: буквы, по внешнему впечатлению выводившиеся размашисто и в спешке, на самом деле выписывались медленно и мелкими штрихами. (Тремор того же порядка, который возникает, скажем, при подделке банковских чеков.) Были обнаружены и другие признаки подделки, а также современные анахронизмы в тексте. Внимание исследователей привлёк также опубликованный в 1940 году роман канадского писателя Джеймса Хантера «Тайна святого Саввы»: он посвящён тому, как в этой лавре нашли документ, подрывающий основы христианства, — но документ оказался антихристианской современной подделкой! Одного из героев романа зовут лорд Мортон... Сейчас многие считают, что книга Хантера отчасти и навела Смита на мысль о подделке, и на неё есть намёки в текстах Смита.
