Цикл духа жизни также помогает понять некоторые загадочные наставления буддизма, например, что лучше не заниматься сексом в полнолуние. Когда тонкая капля духа жизни пребывает на темени, энергии духа жизни собираются там вместе. Это обеспечивает наиболее подходящие условия для введения их и других энергетических ветров в центральный канал через это место. Поскольку оргазм высвобождает тонкие творческие капли, включая эту каплю духа жизни, переживание оргазма в этот день расходует зря наилучшую в течение месяца возможность для растворения энергетических ветров и подступа к сознанию ясного света. Тот факт, что в дни полнолуния энергия духа жизни имеет наибольший потенциал на темени — наиболее важной точке тонкого тела, возможно, и является причиной ощущения особенно чувствительных людей, что с их энергией что-то происходит в полнолуние.
Внутренний круговорот времени в общем влияет на наше здоровье. В XIV веке в своем комментарии на вторую главу «тантры Калачакры» Третий Кармапа объяснил, как наше заблуждение относительно реальности заставляет периодически возникать круговорот оскверненных подходов страсти, гнева и тупости. Эти неуравновешенные подходы приносят болезнь, порождая дисбаланс в трех соответствующих физиологических системах тела, связанных с ветром, желчью и слизью. Поскольку практика Калачакры устраняет заблуждение и неведение, которые являются корнями умственных проблем, равно как и физического недомогания, по мере того, как эмоции благодаря медитативной практике делаются более уравновешенными, тело естественно следует их примеру. Так же, как учения внешней Калачакры обеспечивают руководство для достижения мира на Земле, соответствие между эмоциональным и физическим здоровьем во внутренней Калачакре — одно из наилучших руководств для внутреннего мира.
Последняя большая тема второй главы — это алхимия, преобразование базовых субстанций в нечто полезное и благотворное. Прежде всего текст знакомит с формулами для изготовления благовоний для дезинфекции, лечения и подношений. Затем объясняется, как трансмутировать базовые металлы — но не в золото, а в лекарство. Главная тема — это как освободить ртуть от отравляющих свойств, чтобы сделать ее годной к использованию в качестве главного ингредиента в приготовлении «драгоценных пилюль».
Будучи частью внутреннего круговорота времени, периодически распространяются новые болезни. Многие из них, предсказанные в этом тексте, связаны с загрязнением, которое мы можем отождествить как возникающее от химикатов, радиации и так далее. Как кажется, описания этих болезней также включают рак и СПИД. Очищенная ртуть избавляет тело от отравления и помогает восстановить жизненную силу всех его систем. Тибетские доктора использовали драгоценные пилюли, сделанные по формулам Калачакры, для успешного лечения жертв химического выброса в Бхопале (Индия) и радиационной катастрофы в Чернобыле в бывшем Советском Союзе и имеют скромный успех в продлении, по крайней мере, жизни некоторых пациентов, страдающих от рака и СПИДа.
