Многие святые деревья также были связаны с важными духовными событиями и, таким образом, по праву стали символами духовного преобразования. Ковчег, дарохранительница и алтарь, которые Моисей построил из акации по указанию бога (Исход, 25:27), объединили Израиль под предводительством Моисея и Аарона — и через них, под властью Иеговы. В Книге Чисел, 17:8 говорится о жезле Аарона, который был ветвью миндаля. После исхода из Египта, жезл Аарона дома Леви был возложен среди прочих в дарохранительнице и жезл Аарона покрылся почками, расцвел и создал миндаль. Это был знак Иеговы о том, что племя леви имело исключительное право жречества среди израильского народа.
Другим святым деревом, связанным с духовным возрождением, является оливковое дерево. Оливковое масло используется в помазании священников, и оливковая ветвь, с тех пор как голубь принес ее Ною, чтобы возвестить о конце потопа, стала символом мира.
Четкого мнения о том, из какого дерева был сделан крест Иисуса, нет. Некоторые считают, что крест создавался из четырех различных деревьев, включая кипарис, кедр, сосну и самшит. Считалось, что эти деревья символизировали четыре стороны света, хотя все они во времена Христа произрастали в Палестине. Согласно другому мнению, кедр, кипарис и, либо оливковое дерево, либо пальма, были материалами креста, потому что они символизируют святую Троицу. Также утверждают и то, что крест делался из единого вида дерева, чаще всего говорят о ясене, дубе, оливковом дереве и кедре. В Северной Америке в основном считают, что крест был изготовлен из осины (трясущейся). Даже на легком ветру, по мнению некоторых, листья этого дерева «дрожат» от стыда за то, что из ствола, которому они принадлежат, было сделано распятие. Куски различных видов деревьев, считающихся частью «настоящего креста», можно найти во всех святынях христиан по всему миру.
Святые деревья традиционно использовались шаманами с целью облегчения исцеления и преобразования. Религиозные объекты, сделанные из дерева, помимо своего функционирования в качестве оракулов или интерпретаторов божьей воли, могут выступать и в роли посланников. Барабан шамана тофа (кочевого народа Сибири), использовавшийся для общения с духовными сферами, был сделан из различных пород святого дерева. Цилиндрический остов барабана — из ели, кедра, лесной сосны или березы, резонаторы — из кедра, лиственницы, ели, белого тополя, рябины. Духи поведали шаману, какого рода дерево следует использовать при создании барабана. При вырезании древесины особо следили за тем, чтобы не причинить дереву непоправимый ущерб, ибо считалось, что если умрет дерево, то умрет и шаман.
