Грудная кость и плечевой пояс отсутствуют только у змей.
Вооружение рта не менее разнообразно. У черепах нет зубов, но их челюсти покрыты острыми роговыми пластинками. У других пресмыкающихся, наоборот, зубы хорошо развиты и сидят не только на челюстях, но также на других костях, окружающих пасть. По большей части зубы эти приспособлены только к схватыванию добычи и ее удержанию, а не к разжевыванию. Зубы или сидят в ячейках и прикреплены плотной сухожильной тканью, или срастаются с костями, на которых они сидят; правильной смены зубов не бывает, но они непрерывно возобновляются по мере изнашивания старых. Наиболее совершенный зубной аппарат, у ядовитых змей, будет описан дальше.
Из органов полости рта наибольшего внимания заслуживает язык. У крокодилов он имеет вид плоского возвышения, прирос ко дну ротовой полости и совершенно неподвижен; у черепах он также мало подвижен, короток, толст, мясист. У некоторых ящериц, наоборот, язык очень подвижен и у многих способен выбрасываться, у змей очень удлинен и раздвоен на конце. Пищевод у всех очень растяжим и незаметно переходит в объемистый желудок, продолжающийся дальше кишкой. Печень, желчный пузырь, селезенка и поджелудочная железа бывают у всех пресмыкающихся.
Существуют слюнные железы, а у змей, кроме того, бывают ядовитые железы, представляющие из себя видоизменение слюнных.
Почки обыкновенно очень велики, и протоки их открываются в клоаку, куда открываются также и выводные каналы половых желез.
Органы дыхания у всех пресмыкающихся являются в форме легких, которые представляют перепончатые мешки, по большей части цельные, но у некоторых легкие состоят из системы трубочек с легочными пузырьками на концах.
У змей развито только правое легкое.
Сердце состоит из четырех камер: двух вполне разделенных предсердий и двух желудочков, перегородка между которыми почти у всех неполная, так что венозная кровь отчасти смешивается с артериальной. Потребность в дыхании у пресмыкающихся в значительной степени ограничена, и они могут довольствоваться количеством кислорода, гораздо меньшим, нежели выше организованные животные, как, напр., птицы и млекопитающие. Движение крови в сосудах у пресмыкающихся происходит медленно, все другие жизненные процессы совершаются вяло, а вследствие этого температура тела лишь на несколько градусов выше температуры окружающей среды. Отсюда происходит название пресмыкающихся – холоднокровные животные, но правильнее было бы их назвать животными с изменяющейся температурой крови.
