Сразу после этого Шуйский направил войска успокоить разбушевавшийся народ и взять под охрану отбивающихся на своих дворах поляков. Всего в ходе восстания их было перебито около 400 чел., примерно столько же погибло в столкновениях москвичей. Трупы Лжедмитрия и Басманова несколько дней валялись на площади непогребенными, потом их сожгли, зарядили в пушку и выстрелили в сторону Польши…
По русским законам и традициям избирать царя должен был Земский Собор. Но в провинции еще жила вера в “доброго царя Дмитрия”, наобещать подданным он успел много. Ни поляки, ни самозванец не успели сделать жителям других уездов и городов, кроме Москвы, ничего плохого. И хотя заговорщики захватили всю переписку Лжедмитрия с папой, много других изобличающих его документов, они поспешили побыстрее избрать царя самим, чтобы поставить провинцию перед фактом.
О польском Владиславе теперь даже не вспоминали, претендентов было четверо. Сын Филарета Романова 9-летний Михаил — в Нарве немцы узнали от русских, что многие прочили его. Но большинство голосов в Думе отвергло его за малолетством. Нерешительный и безвольный Мстиславский отказался наотрез. А Василий Голицын и по знатности рода, и по своей роли в заговоре уступал Василию Шуйскому. Эта кандидатура и победила. Но во избежание трений и конфликтов он вынужден был пойти на компромисс с другими боярами, обязался важнейшие вопросы решать только с Думой и без ее санкции никого не репрессировать. Земский Собор подменили импровизированным сборищем, представив Василия народу с Лобного места. В Москве его любили, и толпа криком санкционировала избрание. И сделав вид, будто присутствовавшие в столице купцы и служилые из других городов являлись их делегатами, Дума разослала воззвания об избрании Шуйского Собором.
Низложили и патриарха Игнатия. На его место церковный собор нарек Филарета Романова. Однако Шуйский не доверял ему, как конкуренту, и провернул хитрую интригу. Для пущего разоблачения самозванца добился канонизации царевича Дмитрия Углицкого, Филарет был отправлен за мощами, а в его отсутствие царь настроил против него духовенство и добился переизбрания. Причем ставленник Шуйского митрополит Крутицкий Пафнутий тоже не прошел, и патриархом стал выходец из донских казаков и строгий ревнитель веры Казанский митрополит Гермоген, который даже в царствование Лжедмитрия был одним из самых ярых его обличителей. Перед крымским ханом извинились, пояснив, что его обидчик уже наказан. Но опасались, что в отместку за свержение “вора” и избиение поляков в Москве начнет войну Сигизмунд. Поэтому из нескольких тысяч гостей и служащих самозванца, уцелевших после переворота, отпустили на родину лишь простолюдинов, а всех дворян оставили в качестве заложников, дав им хорошее содержание, но разместив под надзором по разным городам. В нарушение дипломатического этикета Шуйский задержал даже находившееся в Москве польское посольство во главе с Гонсевским.
