В Сибири возникли свои проблемы. Русская Смута и здесь аукнулась восстаниями. Кодская княгиня Анна с обдорским князьцом Василием взбунтовали несколько хантских родов, осадили Березов, но в бою были рассеяны. Анна не унялась, стала сколачивать союз с князьцами Чумеем, Кеулом и Таиром Самаровым, устанавливать связи с иртышскими татарами, тюменскими и туринскими хантами. Но и у русских нашлись доброжелатели, предупредили. И власти сумели предотвратить выступление, внезапным рейдом арестовав главных заговорщиков. Много неприятностей доставляла славившаяся крайней жестокостью “юрацкая кровавая самоядь”, нападала и на русские, и на остяцкие селения, разбойничала по дорогам, охотилась за судами в Обской губе. Бывало, что служилые в острожках и городках по несколько дней “сидели от самояди в осаде”.
Впрочем, с такими трудностями справлялись. Освоение Сибири продолжалось даже в смуту. Землепроходцы, действующие из Мангазеи, в 1607 г. заложили при впадении р. Турухан в Енисей Туруханский острог, построили Инбацкое зимовье. Позже экспедиция “торгового человека” Кондратия Курочкина обследовала фарватер Нижнего Енисея, совершила плавание на Таймыр. Причем шел он уже по известному, проторенному ранее маршруту. Продвигаясь на юге, русские землепроходцы встретились с новым для себя народом — могнолами. И установили с ними неплохие отношения, при Шуйском в Монголию отправилось русское посольство, а в Москву монгольское. Провели переговоры о торговле, о взаимопомощи, о “размежевании” податей, которые те и другие берут с местных племен. Но монголы не были политически едины. В эти же годы у них разгорелась внутренняя борьба, и отделилась западная ветвь, ойраты (калмыки). Четыре племени — торгоут, дербет, горос, хошут, покинули прежние кочевья и начали мигрировать на запад. Они были куда более многочисленны, чем другие сибирские народы, каждое племя — десятки тысяч кибиток. Были отлично организованы и вооружены. Калмыки начали появляться у русских сибирских форпостов, произошли первые столкновения.
А из Москвы, пользуясь Смутой, сбежал сын Кучума Ишим. И принялся поднимать жителей Сибири против русских, разнося слухи о крушении Московского государства. В 1608 г. его подручный Урус-мурза совершил налет на Тюмень, погромил хозяйства служилых и два юрта местных татар. В погоню за ними отправился атаман Дружина Юрьев с отрядом казаков, “служилой литвы” и татар, догнали за Исетью, разгромили и отбили полон. Но дальше “кучумовичи” породнились с калмыками — и вот тогда-то заполыхало в полную силу. К их союзу примкнули енисейские киргизы, “кузнецкие татары”. Нападения пошли постоянно. Деревни и мелкие острожки горели и погибали вместе с защитниками. Более крупные города кое-как отбивались. Хотя с другой стороны, эта угроза помогла сплотить вокруг русских тех же хантов, манси, иртышских и обских татар, не ожидавших для себя от “кучумовичей” и ойратов ничего хорошего. И поддержка “ясачных” во многом способствовала успешной обороне.
