В Саратове в те времена существовали раскольничьи секты разных толков и направлений. Секты враждовали между собой, но в одном были едины – в ненависти к православию. Сектантов в Саратове появилось столько, что они уже намного превышали число православных христиан. Сектанты действовали на умы православных, вводили в сомнение, пополняя свои ряды сбитыми с толку, заблудшими христианами. Православная церковь обличала раскольников и сектантов, терпеливо разъясняла прихожанам пагубность их влияния и ложность учений. Но голоса отдельных священников заглушались многоголосицей сектантов.
Среди артельщиков Родиона несколько человек попали под влияние раскольников, но молодому хозяину силой убеждения и разъяснениями удалось направить их на путь истинный, вернуть в лоно православной церкви. Пользовавшийся в Саратовской губернии большим уважением старец Семен Климыч, узнав, как успешно молодой хозяин наставляет своих артельщиков, призвал Родиона к себе и сказал:
– Ты, Родион Никитич, мудро артелью управляешь, не только руками, но и душами и сердцами владеешь. Вокруг волчья стая раскольников, но посмотри, сколько в этой стае овец заблудших. Надо помочь вернуть их в ясли церкви православной. Сами они в церковь не пойдут, нужно идти к ним, спасать заблудшие души. Ты умеешь убеждать, терпелив, кроток – иди помоги заблудшим.
И Родион пошел. Он искал встречи с раскольниками, терпеливо разъяснял им, что оспаривающие Священное Писание сами становятся противниками Христа – антихристами. На раскольников доводы Родиона Никитича произвели сильное впечатление. Они были смущены и озадачены, стали сами искать встреч с Родионом, приглашали его на беседы, просили разъяснений. Родион Никитич возглавил братство, объединившее ищущих истины раскольников. Многих ему удалось вернуть на путь истины.
Заметив явные успехи Родиона Никитича, преосвященный Иаков испросил у Святейшего Синода позволения учредить в своей епархии миссию для обращенных раскольников. Миссия была учреждена. Естественно, одним из самых деятельных и активных миссионеров был Родион Пономарев. Правда, сам он, рассказывая впоследствии в Оптиной пустыни о своей жизни в Саратове, о своих успехах в обращении раскольников, скромно умалчивал, подчеркивая достижения других.
Родион Никитич стал уважаемым человеком, имел, говоря современным языком, успешный бизнес, был заметной фигурой в миссионерском движении. Он считался завидным женихом, и, само собой, его не раз пытались женить. Но каждый раз он вежливо, но твердо отказывался от женитьбы. Что-то мешало ему получать удовольствие от жизни. Позже он вспоминал об этом периоде духовного томления так: «Хотя мы и богоугодно старались жить и, казалось, будто и делами благочестивыми занимались, но чувствовалось мне, что мы еще не так живем, как бы следовало, что монахи лучше нас живут».
