Кроме рутинных забот монастырского настоятеля игумену Антонию достались хлопоты о внутренней отделке монастырского Николаевского храма. Он справился и с этим. Освящение храма совершилось 26 августа 1843 года. Но сам игумен не мог участвовать в торжествах, болезнь не отпускала его.
Многократно пытался игумен Антоний сложить с себя тяжкое бремя настоятельства, просил отпустить его на покой. Но епископ Калужский Николай был неумолим. На четырнадцать лет, исполненных страданий физических и душевных, растянулась его «командировка». Много тяжелых испытаний предстояло ему вынести. В 1848 году Малоярославец черным крылом накрыла беспощадная холера. Настоятель монастыря не мог оставаться в стороне от обрушившейся на город страшной беды. По просьбам горожан, он сам во главе городского духовенства совершал неоднократно крестный ход вокруг всего города. При этом в разных местах приходилось служить множество молебнов и литий. Иногда крестный ход растягивался на семь-восемь часов.
Монастырские дела многохлопотны. Часто ему, преодолевая боли, приходилось выезжать в Москву, собирать пожертвования на окончание монастырских построек. В Москве он за труды свои был удостоен особого внимания со стороны митрополита Филарета. Митрополит приглашал игумена Антония на службу в Москву, удостаивал архипастырским благословением, оказывал знаки отеческой милости, утешал беседами. Видя страдания игумена Антония из-за постоянно ухудшающегося здоровье, митрополит лично ходатайствовал за малоярославецкого настоятеля перед епархиальным калужским архиереем, обратившись с просьбой об увольнении игумена Антония, поскольку послушание стало для него непосильным.
В 1853 году игумен Антоний был уволен от настоятельской должности и возвратился в Оптину пустынь, в любезный его сердцу скит.
На покое, который только снится
Игумен Антоний не вернулся к своим прежним обязанностям, не вмешивался во внутренние дела монастыря и скита и жил в Оптиной пустыни как обычный монах, удалившийся на покой. Он даже уклонялся давать советы. Единственное, в чем никогда и никому из приходивших к нему со скорбями не отказывал, это в утешениях.
Невзирая на не прекращавшиеся боли в ногах, отец Антоний старался посещать все церковные службы. Он старательно скрывал свои страдания, всегда и со всеми был одинаково приветлив. Многие, видя его всегда доброе, живое и просветленное лицо, слыша неторопливую, всегда сердечную беседу, даже представить не могли, какие телесные мучения переживает отец Антоний. И только когда раны на ногах воспалялись и отец Антоний не мог выходить из кельи, он заменял церковную службу келейной молитвой.
