В Петровском заводе декабристы устроили нечто вроде вольного университета. Многие пополняли таким образом свои знания в различных областях науки, в языках. Пущин рассказывал здесь о великом поэте, читал и давал переписывать вольнолюбивые стихи Пушкина, способствуя этим распространению их среди сибирского населения.
В каторжных тюрьмах декабристы устраивали также философские собеседования. Среди сосланных на каторгу было несколько человек с ясно выраженным материалистическим мировоззрением: А. П. Барятинский, П. И. Борисов, Н. А. Крюков, И. Д. Якушкин и некоторые другие. Были также в читинской и петровской тюрьмах представители религиозно-мистических взглядов. Они образовали там группу, которой декабристы дали название «Конгрегации». Среди сторонников Конгрегации и материалистов-атеистов велись ожесточенные споры.
И. И. Пущин принимал участие в этих философских собеседованиях и спорах на стороне материалистов и атеистов. Его убеждения отражены во многих письмах, где часто встречаются иронические замечания по поводу формальной религиозности, отрицательные отзывы о представителях церковной обрядности.
Через двенадцать лет каторжных работ, в 1839 году, Пущин был сослан на поселение в город Туринск Тобольской губернии. Климат Туринска вредно влиял на его здоровье. Сразу после приезда он стал просить о переводе в село Урик близ Иркутска, где жил талантливый врач, декабрист Ф. Б. Вольф. Такие вопросы разрешались лично царем, и он отказал в переводе.
Лишь осенью 1840 года Пущин получил возможность выехать для лечения в Тобольск. Не получив облегчения, он вернулся в Туринск.
Родные и друзья продолжали между тем хлопотать о разрешении Пущину переменить место поселения. Канцелярская волокита тянулась долго. В 1842 году Пущин снова получил возможность съездить в Тобольск. Этим временем у него в Туринске 8 сентября родилась дочь. О матери этой девочки говорится в письмах Е. П. Оболенского. Это была молодая якутка Аннушка. Происходила она из бедной семьи. Девочку тоже назвали Аннушкой. И. И. Пущин вернулся в Туринск в начале декабря 1842 года и взял дочь к себе. Узаконить положение дочери браком с ее матерью мешала Пущину сословная психология. Но он любил дочь и заботился о ней.
В Ялуторовске, куда Пущину было разрешено переехать, он устроился основательно. Было ясно, что там придется жить без надежды на переезд в другое место. Обстановка в Ялуторовске сложилась в общем не хуже, чем в других поселениях декабристов, принадлежавших к наиболее материально обеспеченной группе участников движения 20-х годов. В колонии вокруг Иркутска (Восточная Сибирь) жили Волконский, Трубецкой и Муравьевы с семьями, Юшневский с женой, Поджио, Вадковский, Муханов. Около Тобольска (Западная Сибирь) и в самом городе находились тогда Фонвизин с женой, Басаргин, Бригген, Анненков с семьей. Свистунов, С. М. Семенов (ближайший друг Пущина по Москве). В Ялуторовске жили М. И. Муравьев-Апостол с женой, Е. П. Оболенский, И. Д. Якушкин. С ними Пущин сошелся очень близко.
