16 декабря И. И. Пущина доставили на гауптвахту. Арестованный еще 15 декабря М. И. Пущин видел, как привезли его брата «со связанными руками, в сопровождении фельдъегеря и двух жандармов верхом с обнаженными саблями».
А. Е. Розен тоже видел, как привезли арестованного Ивана Пущина, и был сильно растроган, когда присутствовавший при этом молодой офицер гвардейского Гренадерского полка С. П. Галахов бросился в середину конвоя, чтобы обнять Пущина.
В Петропавловскую крепость И. И. Пущин был доставлен лишь в половине третьего после полудня 17 декабря. В записке коменданту крепости А. Я. Сукину царь велел посадить Пущина в Алексеевский равелин. Содержался он в камере № 5.
Многие свидетельства говорят о пытках, применявшихся при допросах декабристов. Пытки нравственные, порою физические широко практиковались комиссией, действиями которой руководил император. Заковывали в ножные и ручные кандалы, угрожали пытками в случае запирательства, подвергали испытанию родственные и дружеские чувства, поражали воображение и тревожили дух. Николай с безграничным цинизмом рассказывает в своих записках, как он допрашивал С. И. Муравьева-Апостола в продолжение нескольких часов, не обращая внимания на усталость и полнейшую измученность допрашиваемого, который буквально падал с ног. Посылая декабристов в крепость, Николай обычно указывал коменданту, как содержать их: одного «строжайше» или «наистрожайше», другого «заковать в ручные железа»; одних «содержать лучше обыкновенного содержания»; некоторых «содержать строго, но снабжать всем, что пожелает, то есть чаем»; иных «содержать строго, но хорошо» и т. п. В записке об И. И. Пущине указано только место заключения.
И. И. Пущин принадлежит к небольшому числу участников движения, которые, подобно М. С. Лунину, И. Д. Якушкину и еще, может быть, двум-трем арестованным, проявили себя на следствии особенно стойко, как настоящие, испытанные борцы.
Редкий из декабристов был так сдержан, осторожен и уклончив в своих ответах комиссии, как Пущин: показания его – самые краткие из показаний всех привлеченных к делу руководителей заговора. В них вырисовывается его благородный характер, проявляется его политическая зрелость, обнаруживается гражданская стойкость, видна нежная дружба к товарищам по несчастью. Когда невозможно было отделаться молчанием, Пущин ссылался не на отдельных членов общества, а на постановление совещания. Он не только не выдавал товарищей, не только умалчивал о тех, которые были уже известны комиссии. В его показаниях нет даже намека, по которому можно было бы привлечь к следствию хотя бы одного неизвестного николаевским палачам участника движения. Он долго и упорно называл только вымышленные имена или умерших лиц. Мало того, никто, кроме И. И. Пущина и М. С. Лунина, не предлагал следователям быть приличными и скромными.
