Хилберг был одним из тех ученых, кто не дал превратить исследование Холокоста в еще одну идеологическую лженауку ХХ века, вроде исторического материализма. Он резко возражал против включения в изучение Холокоста различных идеологических и политических элементов, уводящих исследования с твердого документального фундамента в сферу псевдонаучных спекулятивных копаний в духе исполнителей Холокоста. Да и самим термином Холокост предпочитал не пользоваться, считал его потерявшим смысл из–за частого массового употребления. Хилберг резко выступил против нашумевшей во всем мире книги Даниэля Гольденхагена (тоже функционалиста) «Добровольные палачи Гитлера», толковавшего Холокост как проявление имманентного антисемитизма, заложенного в немецкий народ чуть ли не генетически. Хилберг возражал, что антисемитизм в Восточной Европе был сильней и страшней, чем в Германии. «Научный уровень книги – 1946 год», – гневно писал Хилберг. В отличие от критиков его самого, Хилберг даже в гневе оставался корректным и объективным. Хилберг не стал опускаться до возражений против ревизионистских домыслов Гольденхагена. Он просто указал на отсутствие в книге серьезной документальной базы. «Единственное объяснение тому, как Гольденхаген мог получить в Гарварде (за эту книгу) докторскую степень в политических науках, – писал Хилберг, – это то, что на факультете не было никого, кто мог бы проверить его работу». К критикам присоединился и Йегуда Бауэр, главный научный консультант «Яд Вашем». Академические власти Гарвардского университета тогда предпочли отмолчаться, однако ученая общественность учла замечания. Гольденхагену отказали в назначении на кафедру, которую историк–ревизионист собирался объявить «главной кафедрой Холокоста» в мире.
Хилберг поддержал автора не менее нашумевшей «Индустрии Холокоста» Нормана Финкельстейна. Он назвал его труд, с которым был «полностью согласен», новаторским, а позже уже умирающий Хилберг выступил в поддержку Финкельстейна, лишившегося кафедры под давлением многочисленных врагов из еврейского истеблишмента. Сам Хилберг тоже резко критиковал создание поп–культурой культа Холокоста и манипуляцию памятью жертв (книга мемуаров 1995 года «Политика памяти»).
Хилберг неизменно выступал за справедливое отношение ко всем жертвам Холокоста, против попыток принизить страдания цыган, против позорного поведения израильских властей в непризнании геноцида армян. Дни годовщины 90–летия армянской резни в 2005 покрыли израильское правительство и произраильские организации позором. Правительство Израиля трусливо предало гуманистические ценности в угоду политической пользе союза с Турцией. Шимон Перес даже поехал в Стамбул, чтобы там заявить, что «армяне – дело истории». Произраильское лобби в Конгрессе США и ряд влиятельных еврейских организаций использовали весь свой немалый политический вес, чтоб провалить резолюцию, отдающую дань памяти геноциду армянского народа. Нашлись даже еврейские деятели из Баку, угодливо заявившие, что не было армянского геноцида, зато армяне уничтожали в то время евреев.
