Любая добротная система организмов опирается на знание путей эволюции их строения, и А.Л. Тахтаджян стремился работать на прочном морфологическом фундаменте. В своей докторской диссертации он обосновал оригинальную модель эволюционных преобразований гинецея (плодолистиков) цветка. В последующих монографиях Армен Леонович сформулировал представление об основных направлениях эволюции различных органов цветковых и других высших растений.
Ещё в XIX в. сложилось представление о подобии онтогенеза (индивидуального развития) и филогенеза (исторического развития) организма. Эта идея оказалось значимой для эволюционной систематики животных, но долгое время была почти бесполезной для ботаники. А.Л. Тахтаджян исследовал пути эволюции онтогенеза растений и показал, что многие новации у них возникают в результате неотении, то есть сохранения ювенильных признаков во взрослом состоянии. Так данные об онтогенезе вошли в систематику растений.
Направления структурной эволюции или преобразования онтогенеза — это, однако, ещё не система, а лишь концептуальный остов для неё. На этот костяк А.Л. Тахатджян нарастил плоть — огромный фактический материал о разнообразии всех групп цветковых растений (более 200 семейств, некоторые из них насчитывают многие тысячи видов). Система цветковых растений получилась логичная и красивая. Её первая версия была опубликована в 1966 г., последняя — совсем недавно, в 2009-м.
Растительный мир невозможно рассматривать без привязки к поверхности нашей планеты с её сложной геологической историей. А.Л. Тахтаджян разработал схему флористического районирования Земли и предложил подобную схему для меловых и палеогеновых флор Северного полушария. История, география и классификация растений были для него разными сторонами целостного представления о растительном мире.
Не все разработки А.Л.Тахтаджяна выдержали проверку временем: он и сам признавал, что его построения — лишь гипотезы, подлежащие проверке. Впрочем, Армен Леонович достойно отреагировал на вызовы времени: в последней версии его системы цветковых растений, вышедшей в 2009 г., учтены многие новейшие результаты молекулярной филогенетики. Пока многие из его молодых коллег ругали молекулярные методы, не давая себе труда толком разобраться в них, Тахтаджян вошел в курс дела и адекватно употребил эти новшества в своей работе. А ведь ему шёл уже десятый десяток...
Ученый со столь широким кругозором не мог пройти мимо философских вопросов. Одним из самых значимых мыслителей для А.Л. Тахтаджяна был А.А. Богданов (1873–1928), создатель тектоло-гии — предшественницы кибернетики и общей теории систем. Ещё в 1971 г. Армен Леонович посвятил им статью в сборнике «Системные исследования». Это был поступок: ведь Богданов находился в опале (его раскритиковал Ленин в «Материализме и эмпириокритицизме»). А в 2001 г. вышла книга «Principia tectologica», в которой А.Л. Тахтаджян с позиции тектологии рассматривает современные проблемы науки и общества.
