Отказ от всех ограничений по бомбардировкам немецких городов после начала германского блицкрига на Западном фронте вывел Веллингтоны на главные роли в Королевских ВВС. Во время военных действий 1939 г. самолет был усовершенствован: в средней части появился астролюк, антенну радиополукомпаса упрятали в обтекатель и установили систему аварийного слива горючего. В начале войны экипаж состоял из шести человек: двух пилотов, один из которых был стажером, штурмана-бомбардира, радиста и двух стрелков. К середине войны из-за значительных потерь в личном составе, англичане отказались от второго пилота на больших самолетах.
На Веллингтоне Мк.1С, начавшем поступать в Королевские ВВС с апреля 1940 г., отказались от выдвижной турели FN9 в пользу двух бортовых установок с пулеметами Виккерс «К», а на серийных бомбардировщиках устанавливали американские пулеметы Браунинг калибром 7,67 мм. Угол обстрела турелей увеличили до исчезновения «мертвой» зоны по сторонам самолета. Двигатели Пегасус XVIII являлись достаточно надежными, но выход одного из них из строя приводил к резкой потере высоты из-за невозможности зафлюгировать применявшиеся винты с постоянным углом установки фирмы де Хевиленд. Мк.1С стал первой версией бомбардировщика, выпущенной в большом количестве - около 2700 экземпляров. Стандартная бомбовая нагрузка составила девять 500 фунтовых (227 кг) бомб или две 2000 фунтовые (907 кг) бомбы.
Опыт показал, что самолеты этого типа были лучшими среди британских бомбардировщиков на начальном этапе войны, с большей крейсерской скоростью, чем Уитли ВУ и с большим боевым радиусом при большей бомбовой нагрузке, чем Хэмпден В.1.
К середине 1941 г. выяснилось, что точность ночных бомбардировок была крайне низкой. Это обстоятельство заставило искать инструментальные методы наведения самолетов на цель, опираясь на собственные и трофейные разработки. С августа 1941 г. на Мк.1С стали применять аппарат Джи (GEF) слепого наведения на цель по радиолучу. Целью были города Рура и административные центры Германии, атаки на которые представляли опасность из-за мощной многокомпонентной системы ПВО, созданный немцами к концу 1941 г.
С сентября 1940 г. начали использовать Веллингтоны Мк.1А на средиземноморском ТВД, где они наносили удары по позициям итальянских войск в Албании, порту Валлона и итальянским городам Бари, Бриндизи. Дневная атака на Валлону 7 ноября в условиях сильной облачности привела к потерям двух бомбардировщиков от атак устаревших истребителей-бипланов Фиат GR.32. Появление в начале декабря над Албанией новых скоростных истребителей Фиат G.50 вынудило англичан перейти к привычным ночным действиям. Для ударов по Италии использовались аэродромы на Мальте, куда в середине 1942 г. поступили более совершенные бомбардировщики Мк.П и Мк.Ш. Кроме того, Веллинггоны участвовали в подавлении прогерманского мятежа в Ираке в мае 1941 г.
